茶树查尔酮异构酶基因mrna及蛋白质序列的生物信息学分析-abc.pdf

茶树查尔酮异构酶基因mRNA及 蛋白质序列的生物信息学分析 小组：G10 报告人:王丹 组员:周艳华胡娟 李丽田 2013/6/21 一 研究背景 二 序列比对和系统发育分析 三 基因mRNA全长序列分析 四 蛋白质序列分析 研究背景 花卉颜色物质以类黄酮色素中主要色素——花色素苷对花色作用最重要 花色素合成生物途径中查尔酮合酶含量直接影响着花色素在花瓣中的 含量高低，改变了花的颜色。 科学家们通过基因工程技术改变了查尔酮的含量，得到了颜色各异， 绚烂多姿的花朵。 矮牵牛因查尔酮合酶基因改变而颜色各异 • 茶叶次生代谢产物儿茶素因较强的抗氧化作 用越来越受到人们的重视。 • 儿茶素合成途径中的第一个中间产物是查尔 酮，由查尔酮合成酶(CHS)催化。 • 查尔酮异构酶(CHI)是黄酮类代谢途径中的 早期酶，也是增加黄酮醇产物的关键酶之一 ，它催化查尔酮异构化为黄烷酮柑橘素。 • 黄烷酮柑橘素是类黄酮合成途径中第 一个稳定中间产物，再经F3H、DFR 等的催化作用可生成一系列常见的次 生代谢产物，从而形成其他黄酮类物 质。 • 从Genbank搜索DQ904329登录号， 然后对茶树查尔酮异构酶基因（CHI） mRNA全长序列进行生物信息学分析 序列比对和系统发育分析 用blastn进行同源比对，参数经多次调试为期望值：1e-1比较理想。 空位罚分0.4，茶树的类黄酮异构酶基因与同属的红花油茶 （Camellia chekiangoleosa）隔离种zjs01 中的查尔酮异构酶基因 相似性达到了99%。与番茄中的CHI protein相似性达到了81%。与 马铃薯的查尔酮异构酶也都具有较高的相似性。 应用MAGA软件将茶树CHI编码的氨基酸序列及从 GenBank中获取的其他植物CHI氨基酸序列进行系统 树分析，发现茶树与番茄最先聚类合并，而与其它物 种，如烟草、拟南芥等在进化上的亲缘关系则较远。 基因mRNA全长序列分析 PLOTORF PlotORF从6个frame着手寻找mRNA的开放阅读框。F1是 最有可能的读码框，可看出正向从第一个碱基（F1）开始 读起才能在91-810左右读到最完整的可连续编码蛋白质序 列的读码框。 SHOWORF of DQ9