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Science-长链非编码RNA可能改变染色体的三维结构2013-05-28 来源：艾博思作者：koo 321 0 收藏(0)我们的21,000个蛋白质编码基因是在我们的基因组并不是唯一可读的单元。在最近的一次统计中，另有13,000“基因”的神秘分子，被称为长链非编码RNA（lncRNAs），最终的记录会发现，他们可能会多于蛋白质编码基因。但这些RNA是什么用处呢？一些研究人员认为，他们代表“噪音”：DNA随机转化为RNA，也是没有用处的。还有人认为，他们可能会在引导细胞反应的过程中与关键蛋白质一样十分重要。为了找到答案，在马萨诸塞州的剑桥Broad研究院的研究生Jesse Engreitz与米切尔Guttman以及埃里克兰德3人一起努力，进行十分仔细的观察最早发现的第一个非编码RNA-XIST，20年前它被确定为一个沉默因子，它降低了一个女性的X染色体基因的活性，以确保该基因的适度表达。Engreitz发现，XIST与附近染色体的loops相互作用。瑞士日内瓦的基因组学家EmmanouilDermitzakis说“这看起来创建一个三维组织构架，用一种我们普遍认为是蛋白的作用方式的，将基因组的区域汇集在一起”。这一发现支持lncRNAs在通过影响染色质（缠绕DNA的蛋白复合体）的形态来调控染色体的活性中的重要作用。Dermitzakis说“这给了我们提供了其余lncRNAs可能的活性的一个模型”。在20世纪90年代初，XIST-与一些其他的长链非编码RNA一起在当时被称为被认为是异常现象。XIST的基因位于X染色体上。当它转换为RNA，XIST在X染色体上扩展来沉默基因。经过20年研究，研究人员仍然不知道这种扩展如何发生，XIST是如何识别X染色体的哪一个部分引起的失活。2年前当Engreitz来到Guttman的实验室，该团队正在开发一种方法，研究特定的lnRNA能够结合在DNA什么地方。他们想出了一个方法，使用互补于lncRNA的RNA原位杂家探针来寻靶，结合，与基因组某些部分发生沉淀。当Engreitz用XIST基因测试这种方法时，他发现，它结合到X染色体上，但并不是他预期位点上。她说“它似乎到处都有结合。”科研人员想知道是否染色质3D排列可能发挥作用呢？一些研究人员使用了一种被称为HI-C的方法建立一个X染色卷曲和转角的三维图谱。当Engreitz和他的同事将这张三维图谱与XIST沉淀的结合位点图谱做了比较，他们看到了一个紧密的相关性，即XIST基因与卷曲和转角共定位。他在会议上报告“XIST首先去的地方（DNA）是一些与XIST（基因）关联的位置”。在一项实验中，Engreitz和他的同事们将XIST 50万个碱基移动到X染色体下方，并将这个改变的染色放在了小鼠胚胎干细胞中。XIST与一套新的DNA loops相互作用。而当他们把Xist基因放在在不同的染色体，他们看到了类似的结合迁移。“结果清楚地表明，物理上接近，与染色质相互作用，对于X染色体失活的扩展是很重要的，而不是序列特异性，”说：”日本横滨RIKEN生命科学技术研究中心的PieroCarninci说，“这是相当鼓舞人心的。”其他研究也显示XIST失活的这一进程，XIST似乎绕在X染色体的外部loop位置，目的可能是通过招募改变染色质构象的蛋白质。西班牙巴塞罗那基因组调控中心的罗里·约翰逊说。“lncRNAs可能代表了一种新型的基因调控因子”。与Engreitz报道相似，其他与lncRNAs研究相关的的初步结果也表明，他们也像XIST类似方式作用。还有一些研究人员指出lncRNAs是相当丰富的，可能会以许多不同的方式发生起作用。“我们只是不知道，”约翰逊说。原文检索：Elizabeth Pennisi. Long Noncoding RNAs May Alter Chromosomes 3D Structure. Science, 24 May 2013; DOI: 10.1126/science.340.6135.910-aNature：阐明长链非编码RNA激活子促进基因表达的机制2013-02-18 来源：生物360 作者：koo 497 0 收藏(0)一项最新研究发现，编码在DNA中但却不会翻译成蛋白质的某些长RNA片段，是操控DNA激活某些基因的关键。这些非编码RNA激活子(non-coding RNA-activators ，ncRNA-a)在胚胎发育早期过程中对某些基因开关起至关重要的作用，并与包括某些癌症在内的成人疾病相关。相关研究发表于2月17日《自然》（Nature）杂志上。Wistar研究所（The Wistar Institute）的科学家详细描述了长链非编码RNA激活子促进基因表达的机制。他们揭示出这些RNA分子帮助细胞内蛋白质构建