三疣梭子蟹肠道菌群结构及代谢表型分析-分析化学.pdfVIP

第44卷 分析化学 (FENXI HUAXUE)摇 研究报告 第12期 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 2016年12月 ChineseJournal of Analytical Chemistry 1867~1873 DOI:10.11895/j.issn.0253鄄3820.160432 三疣梭子蟹肠道菌群结构及代谢表型分析 1 *1,2 1 1 1 *1 曾廷兰摇 叶央芳 摇 母昌考摇 王 凯摇 李荣华摇 王春琳 1(宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室,宁波315211) 2(波谱与原子分子物理国家重点实验室,武汉磁共振中心,中国科学院武汉物理与数学研究所,武汉430071) 摘摇 要摇 建立16S rRNA基因的高通量测序和基于核磁共振(NMR)的代谢组学技术分析三疣梭子蟹肠道菌 群结构及代谢物组成的方法。 经对梭子蟹肠道样品提取基因组DNA和16 S rRNA基因的V3鄄V4可变区片段 的扩增,产物用于MiSeq测序。 经对测序结果进行聚类和注释分析,发现梭子蟹肠道的细菌群落结构以变形 杆菌门、拟杆菌门、梭杆菌门、软壁菌门和酸杆菌门为主,其中以发光杆菌属、Paludibacter 和产丙酸菌属的细 菌丰度最高。 梭子蟹肠道样品经组织破碎、甲醇鄄水(2颐1,V/ V)提取、高速离心和冷冻干燥后,重悬在钠钾磷 1 酸盐缓冲液中,用于NMR分析。 采用标准的Noesypr1D 脉冲序列采集 H NMR谱,设置90毅脉冲宽度约为 10 滋s,等待时间为2 s,混合时间为100 ms,谱宽为20 ppm,采样点数为32 K,自由感应衰减累加次数为64。 再利用2DNMR谱对肠道代谢物进行归属,共获得包括氨基酸、有机羧酸和有机胺类等30种代谢产物。 本方 法可用于系统分析梭子蟹肠道菌群及其代谢物组成。 关键词摇 三疣梭子蟹;肠道菌群;高通量测序;代谢表型;核磁共振 1摇 引摇 言 [1] 肠道微生物与宿主健康存在着错综复杂的关系 ,尤其在宿主的营养和能量循环中发挥着中心地 [2] [3] [4] [5] [6] 位作用 。 就甲壳类动物而言,其肠道菌群对甲壳类动物的器官发育 、营养 、免疫 和疾病 都密 切相关,如拟穴青蟹(Scyllaparamamosain)的肠道中存在着特征性细菌类群可指示青蟹的健康和疾病状 [7] 况 ,外源添加具有抗付溶血弧菌(Vibrioparahaemolyticu)的杆菌(Bacillus)可显著增强拟穴青蟹幼体对 [5] 弧菌的免疫抗性 。 另一方面,蟹类如中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)的养殖方式、健康状态和饲料配方 [8] 等又显著影响着肠道菌群的组成 。 三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)是我国重要的水产养殖品种, [9] 广泛分布在渤海、黄海、东海和南海海域 。 然而,目前尚缺乏梭子蟹肠道菌群的组成信息。 微生物生态学研究技术已经从早期的分离培养手段发展到现代的不依赖培养的分子生态学方法。