手性分子自组装膜和碳酸钙成核现象的分子动力学的分析研究.pdfVIP

摘 要 分子动力学是一套通过模拟分子体系的运动来研究其性质的方法，其基本思想是根 据牛顿力学来模拟分子体系的运动。首先建立一组关于分子运动的方程，通过对系统中 分子运动方程进行数值求解，从而得到每个时刻各个分子的坐标与动量，即在相空间的 运动轨迹，再利用各种统计方法得到系统的静态和动态特性，从而得到系统的宏观热力 学性质。随着动力学理论的发展，现在分子动力学已经实现了恒定压力，恒定温度，巨 正则系综等条件下的模拟。分子动力学在体系宏观性质的计算上具有很高的准确度和有 效性，被广泛应用于物理，化学，生物，材料，医学等各个领域的模拟研究。特别是在 过去的数十年中，随着现代分子结构生物学的发展，人们建造了众多关于各种生物分子 体系的力场，并开发出许多分子动力学计算软件包。由于各种实验手段的限制，全原子 的分子动力学模拟，特别是结合更高精度的第一性原理的计算方法，在生物分子体系的 研究中发挥着越来越重要的作用。本文分共为三章，第一章我们简要介绍了分子动力学 方法的理论基础，后两章中我们运用分子动力学的方法分别研究了分子自组装体系和碳 酸钙溶液中的成核现象。 在第一章中，我们首先简单回顾了分子动力学方法的发展历史，介绍了分子动力学 模拟的方法基础，包括动力学系综理论，运动方程与积分算法