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一种基因芯片数据的标准化处理策略及软件实现.PDF
第 26 卷第 3 期 第 三 军 医 大 学 学 报 Vol. 26 , No. 3
224 2004 年 2 月 ACTA ACADEMIAE MEDICINAE MILITARIS TERTIAE Feb. 2004
( )
论著 文章编号 2004
一种基因芯片数据的标准化处理策略及软件实现
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( 第三军医大学预防医学系卫生统计学教研室 ,重庆 400038 ; 香港城市
易 东 ,杨梦苏 ,李辉智 ,黄明辉 ,王文昌
大学基因组科技应用研究中心 ,香港 ;3 西南政法大学刑侦学院电子技术教研室 ,重庆 400031)
提 要 : 目的 建立基因芯片数据处理的标准化方法 ,研制一套实用、可操作性强的软件 Gene-Norm 。方法 采用 cri
teria 将杂交点分为 good 和 bad 两类。同时 ,在 bad 杂交点中寻找 turnonoff 点。最后 ,用平均 ratio 进行标准化处理。结果
将软件 Gene-Norm 应用于高密度芯片数据的处理 ,该芯片有 10 080 个杂交点 ,每个杂交点有 42 个记录进行处理 ,得到了
较好的处理结果。讨论 本软件适用于大型数据文件的处理 ,且提供了许多参数以供选择 ,因此适用性和可操作性强。
关键词 : 芯片 ;标准化 ;软件
中图法分类号 : R319 ; R394 文献标识码 : A
Normalization strategies for microarray data
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YI Dong , YANGMengsu , LI Huizhi , HUANGMinghui , WANG Wenchang ( Department of Health Statistics , Third Military
2 3
Medical University , Chongqing 400038 ; Applied Research Center for Genomics Technology , City University of Hong Kong ; Department of Elec
)
tronic Technology , College of Criminal Investigation , Southwest China University of Po
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