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lncRNA分析报告 Summary 分析流程 1 质控分析 2 ⽐对分析 3 转录本拼接 4 lncRNA鉴定 5 转录本定量分析 6 lncRNA关联基因分析 7 miRNA前体序列分析 8 转录本差异分析 9 富集分析 10 蛋⽩互 ⽹络 11 可变剪接分析 12 变异位点分析 参考⽂献 分析流程 lncRNA-长链⾮编码 RNA （Long non-coding RNA ）是⼀类长度超过 200nt 的 RNA 分⼦，它们极少具有蛋⽩编码潜能，并且能够和 DNA 、RNA 及蛋⽩质结合，以 RNA 的形式 在多种层⾯上 （表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达⽔平，是近年来的研究热点。由于lncRNA存在较⾼的时空特异性和组织特异性在novel lncRNA预测 ⽅向有很⼤的潜⼒并为下游lncRNA功能分析提供数据来源。近年来，随着⾼通量测序技术的发展越来越多的lncRNA在多个物种中被鉴定出来如何将这些lncRNA与其调控的 mRNA关联起来并预测其潜在的功能才是我们关注的重点 lncRNA 测序就是利⽤⾼通量测序研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有 LncRNA 和 mRNA ，并利⽤数据⽐对和组装等⽣物信息分析的⽅法，得到尽可能多的lncRNA序列和功能信息，为我们动植物⽣长发育、逆境胁迫、医学检验、临床治疗等多个复杂科学问题 提供最新的思路。其分析流程如下图所⽰： 原始下机数据 质量控制 可变剪切 参考基因组⽐对 SNP InDel 转录本拼接 miRNA前体预测 lncRNA鉴定 lncRNA特征分 转录本定量 mRNA差异分 lncRNA差异分 lncRNA靶基因分 GO富集分 PPI蛋⽩互作分 KEGG富集分 lncRNA分析流程 1 质控分析 1.1 测序数据说明 测序⽚段被⾼通量测序仪测得的图像数据经CASAVA碱基识别转化为序列数据(reads) ，⽂件为fastq格式，其中主要包含测序⽚段的序列信息以及其对应的测序质量信息。 fastq格式⽂件中每个read 由四⾏描述信息组成，如下所⽰： @ST-E00310:278:HF3GJALXX:5:1101:6745:1924 1:N :0:ACGCTCGA CTTTGGGCCCTTGGCAATGAATGTTGCCACCACTGTTCTGGGTGCAGAGGGGAAATGGAAGGCAAGGACAGCAGAGCCAGCACTTGACCGGGGGCCCGATGGTTACGGACGACGGGAAATGGACGGATCCAATGGGAGAGGAAAGGTGTG + AA-FJFJ7JJJFFJJFJJJFJJJJJJJJFJJJJFJJJJJAFJ7FJJJJJJJFA7F7JAJF7FF-AJJAJJAAF--FJ-7FA-7-7F-A7--F7--77FJ7-AFFF7