采用BiacoreM4000进行片段库的筛选和鉴定.PDFVIP

TM 题 专 用 应 子 分 小 应用指南 28-9796-95 AA Biacore 无标记相互作用分析 TM 采用Biacore 4000进行片段库的筛选和鉴定 在药物研发中越来越多的使用基于片段的药物设计方法 清除筛选 用于鉴别合适的结构框架。目前已经证实无标记技术如 • 针对每个靶蛋白在整个片段库中进行结合片段快速筛选 • 目的：去除那些潜在的可能干扰后续分析的片段 X线晶体学和核磁共振成像（NMR）技术可用于鉴别药 物靶点的低亲和力片段复合物。由于其较低的靶蛋白消 结合水平筛选 亲和力筛选 耗、高信息容量和高质量数据等优点，表面等离子共振 • 单浓度筛选 • 基于系列浓度的稳定状态分析 （SPR ）生物传感器已经成为该领域具有吸引力的一项 • 目的：对选定片段进行 • 目的：亲和力等级评定并验证 快速优先 技术。 竞争性分析 配备Biacore 4000 LMW扩展包的Biacore 4000系统可应 • 在样本缓冲液中使用抑制剂 对低毫摩尔分子亲和力水平和低分子量片段所带来的挑 • 目的：验证和结合位点定位 战。目前已发展的方法和评估工具可用于识别过当量的 粘性结合物，并自动检测非典型的结合行为，从而将研 图1. 采用Biacore 4000系统提供的三个主要工具进行片段筛选以便提 究重点快速集中到表现良好的候选分子上。这些分析可 高筛选质量（阴影框内）和简化分析。竞争性分析可显著降低结果的 假阳性率，而利用软件中的一般功能即可轻易实现操作。 应用于筛选单个浓度或一系列浓度的单个样本。通过竞 争性实验确认片段攻击的特异性。专门的亲和力筛选评 估工具简化了毫摩尔级分子水平的亲和力评估。 尽管具有优势，但片段筛选依然面临诸多技术问题。许 多结构结合分析方法，如核磁共振成像NMR和X线晶体 拥有能够满足大多数片段库筛选要求的足够通量，Biacore 成像等需要消耗大量的靶蛋白。此外，通常呈现低亲和 4000配备了新的方法设计、数据评估性能以及增强性 力的片段（0.1-10mM ）需要较高的样品浓度以获得较高 的数据输入和输出功能，Biacore 4000已经成为基于片 的结合位点占用率。在实际操作中，这就意味着在与亲 段药物设计的一个潜在的重要工具。下面展示的范例说 和力相关的分析中，由于溶解度的限制可能被迫使用未 明，将Biacore 4000用于片段筛选和亲和力评估可在一 达到最佳标准浓度的片段。 定程度上改善片段的选择，从而显著提高随后的共结晶 的成功率。 Biacore系统的优势是在提供足够通量的同时，仅消耗少 量的靶蛋白和片段。然而，SPR技术基于质量变化，分 介绍 子量较低的片段（相对分子量在80-300 ）产生的信号也 会较弱。总的来说，片段具有非常快的结合速率和解离 基于片