应用分子力学%2f动力学的分析研究有机分子%2f蛋白分子的反应机理.pdfVIP

应用分子力学/动力学研究有机分子/蛋白分子的反应机理 中文摘要 中文摘要 随着计算机科学的快速发展，计算机分子模拟在科学研究中发挥着越来越重 要的作用。随着研究的深入和发展，分子模拟技术从最初的量子力学模拟方法， 逐步发展出计算效率较高的分子力学模拟方法和分子动力学模拟方法。本文即采 用分子力学模拟方法和分子动力学模拟方法分别对有机分子的表面自组装机理和 蛋白分子内部的质子转移机理进行研究。另外，我们也将计算机模拟技术与实验 工作紧密结合，为实验工作提供理论支持。 实验上，三烷氧基苯分子，即B-OCn(n=12，14，16，18)，在石墨基底表面上 会随着浓度的升高而形成三种自组装结构（依次为孔状、条纹型、折线型），并且 烷基链的长度对分子自组装图案间转换的临界浓度有影响。为了研究这三种自组 装结构形成的机理，我们采用分子力学（MM ）方法，分别对三种结构进行研究。 从体系的势能分项我们发现烷基链间的范德华力主导整个自组装过程。通过计算 的焓变数值可以得知B-OCn 分子从溶液吸附到石墨表面上时，优先形成孔状结构， 即孔状结构是焓优势结构。比较三种结构的熵值发现，折线结构是熵优势结构。 三相间转变的自由能数值说明在室温下，孔状结构会自发形成条纹结构，条纹结 构会自发形成折线结构。通过考虑溶剂共吸附情况，发现溶剂对相转变有很大的 影响，所以实验上溶剂的选择也是调控分子自组装的一个重要因素。 呼吸链线粒体复合物Ⅰ是呼吸链中最大的酶，在线粒体产生能量的过程中起 着至关重要的作用，也和人类神经组织退化疾病密切相关。最近，线粒体复合物 Ⅰ的晶体结构已被解析出来。我们对线粒体复合物Ⅰ的跨膜区域进行50ns 的分子 动力学模拟，并假设了氧化态和还原态两种状态。在跨膜区域，我们发现还原态 水分子的密度比氧化态下多。线粒体复合物Ⅰ的连接片段（螺旋HL 和β折叠）在 还原态下波动强烈，从而产生更多的内部水分子，加速了质子的传递。螺旋HL 和 TM5 中带电残基Glu 的构象变化对质子迁移机理有重要影响。我们的研究结果解 释了线粒体复合物 Ⅰ中质子迁移的动力学行为和潜在的机理，为有关线粒体复合 I 中文摘要 应用分子力学/动力学研究有机分子/ 蛋白分子的反应机理 物Ⅰ的药物设计提供结构基础。 关键词：分子力学（MM ）；分子动力学（MD ）；表面分子自组装；Material Studio （MS ）；线粒体复合物Ⅰ；NAMD 。 作 者：谭朋利 指导教师：李有勇 II Study the Reaction Mechanism of Organic molecules/ Protein Using Molecular Mechanics/Dynamics Abstract Study the Reaction Mechanism of Organic molecules/ Protein Using Molecular Mechanics/Dynamics Abstract With the rapid development of computer science, computer molecular modeling plays an increasingly important role in scientific research. With further research and development, molecular modeling techniques expand from the quantum chemistry simulation