humangenomeprojecthgp人类基因组的作图与测序-labof.ppt

* * * * * 以Dayhoff的替换矩阵和Neelleman-Wunsch算法为代表，它们实际组成了生物信息学的一个最基本的内容和思路：序列比较。 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * MinION: a miniaturised sensing GridION: Oxford Nanopores proprietary nanopore-based sensing chemistries are operated on an electronics-based platform, the GridION system.? This enables the scaled-up measurements of multiple nanopores and the sensing, processing and analysis of data in real time.? A single instrument, a?GridION node, operates with a single-use cartridge?that contains the necessary reagents to perform an experiment.? Scalability A single node as a desktop installation Nodes may be clustered through a network for larger throughput installations 已完成基因组测序的物种（部分） 约600万年前开始，源自同一个祖先，人类和黑猩猩走上了不同的进化道路。600万年后的今天，科学家们另辟蹊径，通过对人类的亲戚———黑猩猩的基因组序列分析，并将其与人类的基因组序列相比较，来解答人类起源和进化过程中的问题。  0 10 20 30 40 50 60 70 1985 Growth of GenBank Base pairs of DNA (billions) Sequences (millions) 2000 1995 1990 December 1982 2006 生物信息学的必要性 首先伴随着基因组研究，相关信息出现了爆炸性增长，迫切需要对海量生物信息进行处理。 文献的增长 生物数据的增长 基因组研究需要 依赖生物信息学 生物信息学家们面对的是堆集如山的DNA片段 Big Data! 生物信息学最重要的任务是从海量数据中提取新知识 生物基因组数据的复杂性 生物的基因组就是指该生物所有遗传物质的总和。 通俗地说，生物的遗传密码就是A、T、C、G四个字符连接起来的线状长链。 基因组研究最终是要把生物学问题转化成对数字符号的处理问题。要解决这样的问题就必须发展新的分析理论、方法、技术、工具，就必须依赖计算机的信息处理 How many characters are in the “Heaven Book”? 3*109 10,000 books 1 book 100 pages 1 page 3,000 characters CCGGTCTCCCCGCCCGCGCGCGAAGTAAAGGCCCAGCGCAGCCCGCGCTCCTGCCCTGGGGCCTCGTCTTTCTCCAGGAAAACGTGGACCGCTCTCCGCCGACAGTCTCTTCCACAGACCCCTGTCGCCTTCGCCCCCCGGTCTCTTCCGGTTCTGTCTTTTCGCTGGCTCGATACGAACAAGGAAGTCGCCCCCAGCGAGCCCCGGCTCCCCCAGGCAGAGGCGGCCCCGGGGGCGGAGTCAACGGCGGAGGCACGCCCTCTGTGAAAGGGCGGGGCATGCAAATTCGAAATGAAAGCCCGGGAACGCCGAAGAAGCACGGGTGTAAGATTTCCCTTTTCAAAGGCGGGAGAATAAGAAATCAGCCCGAGAGTGTAAGGGCGTCAATAGCGCTGTGGACGAGACAGAGGGAATGGGGCAAGGAGCGAGGCTGGGGCTCTCACCGCGACTTGAATGTGGATGAGAGTGGGACGGTGACGGCGGGCGCGAAGGCGAGCGCATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGTTTAATATCTGATACGTC