生物信息学数据库简介.ppt

第二章 主要生物信息学数据库及国内生物医学文献数据库介绍 国内生物医学文献数据库 中国知识资源总库（清华同方数据库） 维普中文科技期刊数据库 万方数据库 中国生物医学文献数据库 中国知识资源总库（清华同方数据库） 三、NCBI数据库介绍 NCBI起源和任务 NCBI于1988年11月4日创立，由于参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，于是提案立法设立NCBI。其隶属于NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支，NLM负责创立生物信息学数据库。 NCBI的任务是发展新的信息学技术以提高对控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。 NCBI的主要作用 建立关于分子生物学，生物化学和遗传学知识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI的维护 NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生物化学家、实验物理学家和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。 他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题主要包括基因的组织、序列的分析和结构的预测。 NCBI所含的数据库 NCBI中一些常用的数据库资源 PubMed: The biomedical literature (PubMed) Nucleotide: sequence database (GenBank) Protein: sequence database Structure: three-dimensional macromolecular structures Genome: complete genome assemblies SNP: single nucleotide polymorphisms OMIM：online Mendelian Inheritance in Man BLAST Basic Local Alignment Search Tool Genome Sequence database 提供生物基因组的遗传图谱、物理图谱等，包括古生物、真核生物、细菌、病毒、质粒等的基因组图谱。 Nucleotide sequence database (GenBank) OMIM Online Mendelian Inheritance in Man Protein Sequence Database 收录GenBank、RefSeq等数据库中的基因序列翻译而来的蛋白序列，以及SwissProt,PIR,PBD等数据库中收集的蛋白的氨基酸序列 PubMed The biomedical literature SNP (single nucleotide polymorphism） 主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列的多态性，是人类可遗传变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90％以上。 SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500-1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万甚至更多。 现代医学研究认为疾病的发生与基因变异密切相关。作为第三代基因多态性标志物，SNP研究对于阐明疾病的发病机制，筛选对外界致病因素易感的易感人群等都具有重要意。 Taxonomy browser 可以查看主要生物的分类(古生物, 细菌, 真核生物, 病毒) 可依据获得的有关遗传信息对已灭绝生物的进行分类 Structure Macromolecular Structures Conserved domains and protein classification Small molecules and their biological activity Biological Systems NCBI 主页 四、NCBI数据库应用举例—— 应用PubMed数据库查找文献方法介绍 查询关键词 Acid phosphatase disease 练 习 利用PubMed 搜索P53与疾病相关的研究文献 (2010-2011). 第一次作业 内容：熟悉各网络数据库，练习不同的文献检索方法，阅读及下载与本专业相关的三篇医学文献（不少于两篇英文的） 要求：用屏幕裁图方式简单记录搜索过程。 点击 输入查询关键词 acid phosphatase 点击 总共查询52029篇 免费