comprehensive analysis of affymetrix exon arrays using bioconductor综合分析affymetrix使用bioconductor外显子数组.pdfVIP

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2017-09-01 发布于上海
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comprehensive analysis of affymetrix exon arrays using bioconductor综合分析affymetrix使用bioconductor外显子数组

Education Comprehensive Analysis of Affymetrix Exon Arrays Using BioConductor * Michał J. Okoniewski, Crispin J. Miller million features: the previous generation of Gene-level arrays had approximately 600,000. By removing the MM probes and reducing the number of probes within a probeset from 11 to 4, the total probeset count has been increased to ;1.4 million, allowing probesets to be systematically placed along the full length of each gene (see Box 2 for an overview of the terminology; for more details on the design of the Affymetrix platform see the ‘‘Learning Center’’ on Affymetrix’ Web site [9] or one of the many review articles (e.g., [10])). The aim has Introduction been to comprehensively target every known and predicted exon in the human genome (Figure 1). An important point to appreciate, particularly as feature Why BioConductor? BioConductor [1] is a collection of densities increase and arrays cover more