DNA弹性杆力学分析的保结构算法和图形后处理-自然科学版-青岛大学.PDF

维普资讯 第 20卷 第2期 青 岛大 学 学报 【自然 科 学 版 ) Vo1．20No．2 2007年 6月 JOURNALOFQINGDAOUNIVERSITY (NaturalScienceEdition) Jun．2007 文章编号 ：1006—1037(2007)02—0010—05 DNA弹性杆力学分析的保结构算法和图形后处理 张光辉，赵维加，姜咏梅 (青岛大学 数学科学学院，青岛266071) 摘要：基于 Kirchhoff动力学 比拟技巧，以弹性杆中心线弧长为拟时间变量，建立 了 DNA弹性杆结构模型。DNA弹性杆的超细长特性要求长时间数值模拟，探讨了利用辛 算法对DNA弹性杆模型长时间计算的问题，给出了相应的算法和数值仿真结果。利用 Kirchhoff弹性杆模型的比拟技巧，建立了描述 DNA弹性杆 曲面的微分／积分方程组， 给出了曲面方程的数值解法和DNA弹性杆图形后处理的计算实例和分析。 关键词：DNA弹性杆；Kirchhoff比拟 ；辛算法；图形后处理算法 中图分类号：0242：TBl15 文献标识码 ：A 1 问题的提出 弹性杆模型有着广泛的实际背景，如电缆、绳索和纤维等都可以模型化为弹性细杆讨论，并 已有大量的 研究成果[1]。另外，自20世纪中期 Watson和 Crick提出了DNA分子的双螺旋三维结构模型以来，关于 DNA的基础理论研究不断突破 ]。DNA的弹性杆模型以其极端细长性和超大变形而完全不同于传统弹性 力学的研究对象。这种超细长的大变形弹性杆给DNA结构图形处理和动力学性质的数值仿真也提出了新 的课题。利用通常的Runge—Kutta方法进行长时间的计算，常常会 由于误差的积累失去其原有结构特征， 变成 “一团乱麻”。而基于动力学 比拟方法[3]建立的弹性杆结构力学模型具有动力学模型的类似结构，也可 以表示成相应的Hamilton方程形式，本文探讨了利用保辛结构的数值计算方法计算超细长弹性杆的力学 结构问题 。 弹性杆的空间曲面的模型表示和算法不但对计算机仿真的图形后处理[4]是重要的，而且对于分析弹性 杆的自身接触问题等也有重要的意义。针对上述模型建立相应的图形后处理算法有很重要的意义 。 2 超细长弹性杆空间结构的Hamilton方程和辛算法 设 。一xyz是惯性坐标系，弹性杆的轴心曲线为空间中的2阶以上的光滑曲线 r— r() (1) 其中S是弧长参数。在曲线上任一点P建立曲线的Frenet坐标系P一 ⅣrB，其中3个基矢量 ，N，B分别是曲线(1)的切向，主法线方向和副 法线方向的单位矢量。借助于Kirchhoff的动力学比拟方法，我们把超细 长弹性杆的表面看作一条刚性封闭的平面曲线点集r沿着空间曲线r() 平移动和旋转得到(图 1)。 在 Kirchhoff假设下，把弧长 S看作拟时间坐标，即将弹性杆曲面沿 着弧坐标 S变化看作一条封闭的平面刚性曲线r随 “时间”S的匀速运动 。 图1 弹性杆示意图 收稿 日期 ：2007一O1—08 基金项 目：国家 自然科学基金资助项 目 作者简介：张光辉 (1980一)，男，河北保定人，硕士研究生，主要从事微分方程模型的数值算法。 维普资讯 第 2期 张光辉 ，等：DNA弹性杆力学分析的保结构算法和图形后处理 11 设 x(s)是r在 “时刻”S的位置，它可以看作 由点集r运动得到。 将惯性坐标系0一xyz平移到曲线r(s)上任意点P，以P