羟基异吲哚酮类衍生物与HIV1整合酶的分子模拟研究.PDF

学 报 ＪｏｕｒｎａｌｏｆＣｈｉｎａＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　２０１６，４７（５）：５５１－５５９ ５５１ 羟基异吲哚酮类衍生物与ＨＩＶ１整合酶的 分子模拟研究 １ １，２ １ １ １ １ 杜文义 ，胡建平 ，左　柯 ，刘　嵬 ，梁　立 ，代田洋 １ （成都大学，四川抗菌素工业研究所，药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室，成都６１０１０６； ２乐山师范学院化学学院，乐山６１４００４） 摘　要　为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与ＨＩＶ１整合酶识别的机制以及构象变化，采用ＡｕｔｏＤｏｃｋ对５８个羟基异吲哚酮 类衍生物与整合酶进行了分子对接，并对抑制ＨＩＶ１整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了１６ｎｓ 的分子动力学模拟。基于对接复合物模型分析给出了化合物与整合酶结合的主要作用力，通过分析氢键以及构象的变化， 发现氨基酸残基Ｎ１５５与Ｄ６４之间的氢键是维持整合酶催化活性所必需的ＤＤＥ基序结构稳定的关键。另外，氨基酸残基 Ｙ１４３所在的ｌｏｏｐ区与羟基异吲哚酮类衍生物之间的疏水作用力在受体配体识别的过程中具有重要的作用。 关键词　羟基异吲哚酮类衍生物；分子对接；分子动力学模拟；ＨＩＶ１整合酶；构象分析 中图分类号　Ｑ５；Ｒ９　　文献标志码　Ａ　　文章编号　１０００－５０４８（２０１６）０５－０５５１－０９ ｄｏｉ：１０．１１６６５／ｊ．ｉｓｓｎ．１０００－５０４８ 引用本文　杜文义，胡建平，左柯，等羟基异吲哚酮类衍生物与ＨＩＶ１整合酶的分子模拟研究［Ｊ］．中国药科大学学报，２０１６，４７（５）： ５５１－５５９ Ｃｉｔｅｔｈｉｓａｒｔｉｃｌｅａｓ：ＤＵＷｅｎｙｉ，ＨＵＪｉａｎｐｉｎｇ，ＺＵＯＫｅ，ｅｔａｌＭｏｌｅｃｕｌａｒｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓｔｕｄｙｏｎｔｈｅｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｂｅｔｗｅｅｎｈｙｄｒｏｘｙｉｓｏｉｎｄｏｌｉｎｋｅｔｏｎｅｄｅｒｉｖ ａｔｉｖｅｓａｎｄＨＩＶ１ｉｎｔｅｇｒａｓｅ［Ｊ］．ＪＣｈｉｎａＰｈａｒｍＵｎｉｖ，２０１６，４７（５）：５５１－５５９ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓｔｕｄｙｏｎｔｈｅｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｂｅｔｗｅｅｎｈｙｄｒｏｘｙｉｓｏｉｎｄｏｌｉｎｋｅ ｔｏｎｅｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓａｎｄＨＩＶ１ｉｎｔｅｇｒａｓｅ １ １牞２ １ １ １ １ ＤＵＷｅｎｙｉ牞ＨＵＪｉａｎｐｉｎｇ 牞ＺＵＯＫｅ牞ＬＩＵＷｅｉ牞ＬＩＡＮＧＬｉ牞ＤＡＩＴｉａｎｙａｎｇ １ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＭｅｄｉｃｉｎａｌａｎｄＥｄｉｂｌｅＰｌａｎｔｓＲｅｓｏｕｒｃｅｓＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆＳｉｃｈｕａｎＥｄｕｃａｔｉｏｎＤｅｐａｒｔｍｅｎｔ牞ＳｉｃｈｕａｎＩｎｄｕｓｔｒｉａｌＩｎｓｔｉｔｕｔｅ ２ ｏｆＡｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ牞ＣｈｅｎｇｄｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ牞Ｃｈｅｎｇｄｕ６１０１０６牷ＳｃｈｏｏｌｏｆＣｈｅｍｉｓｔｒｙ牞ＬｅｓｈａｎＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ牞Ｌｅｓｈａｎ６１４００４牞Ｃｈｉｎａ Ａｂｓｔｒａｃｔ　Ｔｏｄｉｓｃｕｓｓｔｈｅｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌｃｈａｎｇｅａｎｄｔｈｅｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｍｅｃｈａｎｉｓｍｏｆｈｙｄｒｏｘｙｉｓｏｉｎｄｏｌｋｅｔｏｎｅｄｅｒｉｖ ａｔｉｖｅｓｗｉｔｈＨＩＶ１ｉｎｔｅｇｒａｓｅ牞ｆｉｆｔｙｅｉｇｈｔｈｙｄｒｏｘｙｉｓｏｉｎｄｏｌｋｅｔｏｎｅｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓｗｅｒｅｄｏｃｋｅｄｔｏｔｈｅｉｎｔｅｇｒａｓｅｕｓｉｎｇ ＡｕｔｏＤｏｃｋｐｒｏｇｒａｍ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｙｎａｍｉｃｓｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｗｉｔｈ１６ｎｓｗａｓｃａｒｒｉｅｄｏｕｔｆｏｒｔｈｅｔｗｏｃｏｍｐ