生物大分子及配体相互作用的动力学理关于.pdfVIP

生物大分子与配体相互作用的动力学理论 摘要 某些情况下，生命系统中配体与大分子相互作用时，结合位点之间互相不 发生影响，即为独立部位。但在绝大多数情况下，各结合位点之间互相发生影 响，这种结合作用是具有协同性的。^噬菌体阻遏蛋白与操纵基因的相互作用 就具有协同性，且操纵基因上的各结合位点是不同的。此外有些大分子可以存 在两种以上的结合位点。有些小配体仅与一个位点结合，两有些大配体可同时 吸附多个位点，但并不一定与所有吸附的位点都完全结合。为了研究方便，可 把大分子的结合位点简化为一维或二维点阵，利用其特殊的统计特征可解释一 些生命现象。抗冻蛋白与冰晶表面的相互作用就可以看作是大配体与具有均匀 点阵式的位点的大分子的相互作用。本文根据入噬菌体阻遏蛋白与操纵基因的 相互作用特点，提出了他们相互作用的化学动力学模型。用此模型计算了各结合 位点饱和分数与阻遏蛋白浓度的关系函数，并对入噬茵体阻遏蛋白与操纵基因 相互作用的本征自由能及各位点问的偶联自由能进行了估算，均得出了与实验 结果符合较好的结论。另外，根据抗冻蛋白溶液中抗冻蛋白分子与冰晶表面相 互作用特点，提出了抗冻蛋白与冰晶表面相互作用的动力学模型。进而，利用 饱和分数与抗冻活性之间的关系，给出抗冻活性与抗冻蛋白浓度的理论关系。根 据此关系做出了与实验数据符合较好的抗冻活性与抗冻蛋白浓度关系的理论曲 线。并且对抗冻蛋白分子与冰晶表面相互作用的特点作了进一步的讨论。 关键词：阻遏蛋白，操纵基因，饱和分数，抗冻蛋白，冰晶表面，抗冻活性 致谢 本文是在李前忠教授的悉心指导下完成的。在内蒙古大学的七年学习生活 中我有幸师从于李前忠教授，并得到了李老师无微不至的关怀和帮助。李老师 耿直的性格和兢兢业业的精神都深深地影响了我，他的言传身教使我懂得了认 真、勤奋的重要。尤其在攻读硕士学位的三年的学习和科研工作中，李老师严 谨的治学态度和对科学问题敏锐的洞察力都使我受益匪浅。他使我端正了学习 和进行科研工作的态度，并教会了我如何学习和进行科研工作，这为我将来的 学习和工作打下了良好的基础。在此，我向李老师致以我最衷心的感谢和诚挚 的敬意! 我还要感谢罗辽复教授在百忙之中对我的论文进行审阅并提出了宝贵的意 见扣建议，对论文的进一步完善起到了至关重要的作用。罗先生正直的品格、 严谨的治学态度、诲人不倦的精神和兢兢业业的工作作风是永远值得我学习并 受益终生的! 我感谢内蒙古大学多年来对我的培养，感谢物理系各位老师对我的教育和 帮助。在三年的学习和生活中我得到了生物物理教研室各位老师及生物物理学 专业各位同学的帮助和鼓励，在此向他们致以深深的谢意。尤其要感谢郭维生 老师在各方面对我的关心、帮助和鼓励。同时，感谢图书馆、资料室和微机室 各位老师对我的支持与帮助。 最后，我要向辛勤劳作的父母致以我深深的思念和最崇高的敬意!是他们 在我的学习和生活中给予了我最有力的支持和鼓励使我能不断地学习和深遣 一、引言 (一)生物大分子与配体相互作用的普遍存在 生物大分子拥有一些与特异小分子相互作用的位置(称为结合位点)，而称这些小分子为 配体。配体和大分子结合位点之闻存在着可逆的结合或解离。生命系统中许多过程是配体与 大分子(如蛋白质)相互作用的结果。最普遍的配体反应就是酶和底物之间的相互作用的结 果。另外还有激素和激素受体之间的相互作用；小分子与涉及小分子活性输送的蛋白质之间 的相互作用：离子与核酸、蛋白质问的相互作用等等。可以这样说：实际上全部生命现象都 依赖于一种或若干种配体的相互作用。正是因为这种原因，深入地探索大分子与配体间的相 互作用已成为许多生物化学家和生物物理学家的研究方向Il“。 某些情况下，结合位点之间互相不发生影响，即为独立部位。但在大量重要的情形中， 结合作用是协同性的即结合一个位点影响其它位点的结合强度【_7，8】。在生物学中，存在许多种 配体与大分子结合为协同性过程的例子。研究的最充分的是氧与血红蛋白的结合。此外，许 多具有多个亚单位的酶，也以协同方式与基质相互作用，例如，天冬氨酸转氨甲酰酶也呈现 这种特性。在这些情况下，核酸协同地与特殊配体结合，可见，在生命系统中，协同相互作 用是很普遍的。在生物活性调节中，协同性过程之存