一种基于信息论的蛋白质数据库搜索鉴定算法-journalof.pdfVIP

第3 0 卷第 1期 东 北 大 学 学 报 ( 自 然 科 学 版 ) Vol 30 ,No . 1 2 0 0 9 年 1 月 Journal of Nort heastern U niver sity (N at ural Science) J an . 2 0 0 9 一种基于信息论的蛋白质数据库搜索鉴定算法 于长永 , 王国仁 , 毛克明 , 翟文丹 ( 东北大学 信息科学与工程学院 , 辽宁 沈阳　110004) 摘 　　　要 : 为了有效地利用蛋白质串联质谱数据 ,提高蛋白质鉴定的准确性 ,提出了一种基于信息论的蛋 白质数据库搜索鉴定算法 I TPIA (information t heory based protein identification algorit hm) 算法 针对多肽 · 串联质谱质量低 、噪音多等问题 ,I TPIA 算法利用了信息论中的熵理论提出了一种有效的实验串联质谱和多 肽的理论质谱的匹配打分算法 该算法更大程度上从多肽串联质谱中获得蛋白质的结构信息 实验结果表明 , · · I TPIA 算法有效地提高了蛋白质鉴定的准确性 · 关 　键 　词 : 蛋白质鉴定 ; 串联质谱 ;数据库搜索 ;信息论 ;匹配算法 中图分类号 : TP 3 11. 3 　　　文献标识码 : A 　　　文章编号 : (2009) 0 1005004 A Database Search Algorithm Based on Inf ormation Theory f or Protein Identif ication Y U Changy ong , WA N G Guoren , M A O Kem i ng , ZHA I Wendan ( School of Information Science Engineering , Nort heastern University , Shenyang 110004 , China . Correspondent : YU Changyong , Email : yuchangyong1981 @ 126 . com) Abstract : The I TP IA ( information t heory based p rotein identification algorit hm ) based on information t heory is p ropo sed to search p rotein dat abase by use of polypeptide t andem mass spect ra for more exact p rotein identification . To solve efficiently t he p roblem of lowqualit y and noisy spect ra , t he ent rop y t heory is int roduced in t he I TP IA wit h a scoring system built to measure t he similarity between t he experiment al spect rum and t he t heoretical spect rum of polypeptide in t he dat abase . The algorit hm t hus acquires more information on p rotein st ruct ure