应用变性梯度凝胶电泳和16srdna序列分析对山羊-中国农业科学.pdfVIP

中国农业科学 2004,37(9):1374-1378 Scientia Agricultura Sinica 应用变性梯度凝胶电泳和16S rDNA序列分析对 山羊瘤胃细菌多样性的研究 1，2，3 1 1， 2 3 3 姚 文 ，朱伟云 ，韩正康 ，Antoon D L Akkermans , Barbara Williams , Seerp Tamminga 1 2 3 （南京农业大学消化道微生物研究室, 南京 210095 ； 瓦赫宁根农业大学微生物系； 瓦赫宁根农业大学动物系动物营养研究室, 荷兰） 摘要：以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料, 经过DNA 抽提和PCR扩增, 扩增 产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE，一种 DNA 指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性。同时利用 基因序列分析技术，分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列，并与现有的数据库进行了比较。 结果表明，饲喂基础日粮时3 头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%～55%)；饲料中添加大豆黄酮一 定程度上影响了瘤胃细菌的组成，DGGE 谱带变化程度分别为 1 号 36%、2 号 46%、3 号 30%。基因序列分析表明， DGGE 图谱中优势条带的 16S rDNA 基因序列中有 5 个基因序列与基因数据库登录的相关序列的相似性大于 97%，8 个基因序列的相似性在90%～96%，余下的低于90%。相似性大于97%的5个克隆中，只有1 个被鉴定为 Prevotella sp.，其余4个都属于未被鉴定的瘤胃细菌。 关键词：山羊瘤胃细菌；遗传多样性；PCR；变性梯度凝胶电泳（DGGE）；16S rDNA Analysis of Rumen Bacterial Diversity of Goat by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis and 16S rDNA Sequencing ， ， 1 2 3 1 1 2 YAO Wen ，ZHU Wei-yun ，HAN Zheng-kang ，Antoon D L Akkermans ， 3 3 Barbara Williams ，Seerp Tamminga 1 ( Laboratory of Gastrointestinal Microbiology, Nanjing Agricultural University ，Nanjing 210095; 2 VLAG-Laboratory of Microbiology, 3 WIAS-Animal Nutrition Group, Wageningen University, The Netherlands) Abstract ：Diversity of rumen bacteria of the rumen content of Chinese white goats was an