细菌-中国试验动物学报.docVIP

宏基因组学与动物病原微生物检测 吴旧生，王鹏歧1，刘月环2 (1.浙江大学动物科学学院，杭州，310058；2.浙江省医学科学院，杭州，310013) 【】【】 【中图分类号】R33【文献标识码】A【文章编号】 Metagenome and detection of animal microbial pathogens WU Jiu-sheng1, Wang Peng-qi1, LIU Yue-huan2 College of Animal science, Zhejiang University, Hangzhou 310058，China; 2. Zhejiang Academy of Medical Sciences, Hangzhou 310013, China） 【Abstract】Metagenomics (Metagenome) obtained all the microorganisms genome in specific biological environment from DNA samples directly from soil,water and skin,body cavity of human and animals. The metagenomic library was constructed by cloning them into alternative host cells using the vector, which is a discipline of screening new active substances and new genes by high-throughput sequencing. Therefore, using Metagenomics not only can effectively detect the composition of microbial community of specific environment, but also greatly expanded the utilize the space of the microbial resources, developed of the next sequencing, enriched the content of bioinformatics. Based on the advantages of metagenomics, we summarized the major advances of metagenomics in human and animal pathogenic microorganisms in recent years, which might be used for the investigation and analysis of microbial pathogens of laboratory animal, animal epidemic monitoring and diagnosis of biological safety. 【Key words】Metagenome；Microbial community；Gastrointestinal microflora；Microbial pathogens test 宏基因组学(Metagenomic)，又称环境基因组学(Environmental genomics)，检测技术上不依赖培养, 直接从微生物的天然环境中提取基因组DNA, 对微生物群体进行研究分析，最大限度地挖掘微生物资源。宏基因组学技术是寻找新基因、开发新的生物活性物质、研究群落中微生物多样性的新途径, 目前已成为国际微生物学研究的热点，本文对宏基因组学及其研究技术在人、动物微生物研究及检测中的应用进行综述，展望未来的发展趋势和研究重点。 1 宏基因组学提出 迄今为止，人类对微生物世界的认识基本上都集中在不到1%的微生物上，环境中绝大多数的微生物还未被研究过甚至是被知道，主要是因为99%以上的微生物目前都是 难 被纯培养的[1]，这己经成为现今微生物学界的普遍共识。Schmidt等[2]于1991年直接提取海水样品DNA进而构建了来自λ噬菌体文库，并进行了16S rRNA基因的筛选分析。1996年，Stein等[3]克隆了40kb的一种未知海洋古细菌的基因组片段，并进行了测序分析，该项研究有里程碑式的意义。Handelman等[4]1998年提出一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，以功能基因筛选和测序分析为研究手段, 以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相