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第三章 生物信息的传递（上） ─从DNA到RNA RNA转录的基本过程 转录机器的主要成分 启动子与转录起始 原核与真核生物 mRNA的特征比较 终止和抗终止 内含子的剪接、编辑及化学修饰 DNA模板与mRNA分子及多肽链之间存在共线性关系 3.1 RNA转录的基本过程 *转录的基本过程： 模板识别 转录起始 通过启动子 转录的延伸和终止 3.2 转录机器的主要成分 要点： 1.大肠杆菌RNA聚合酶 (全酶、核心酶、 σ因子)：性质与功能 2.真核生物RNA聚合酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ： 性质与功能 3.转录因子 大肠杆菌RNA聚合酶的组成分析 大肠杆菌中的σ因子能识别并与 启动子区的特异性序列相结合 3.2.2 转录复合物 模板的识别阶段包括RNA聚合酶全酶对启动子的识别，聚合酶与启动子可逆性结合形成封闭复合物（closed complex）。伴随着DNA构象上的重大变化，封闭复合物转变成开放复合物(open complex)，聚合酶全酶所结合的DNA序列中有一小段双链被解开。 3.3 启动子与转录起始 大肠杆菌RNA聚合酶与启动子的相互作用主要包括： （1）启动子区的识别； （2）酶与启动子的结合； （3）σ因子的结合与解离。 下面分别介绍这3个方面的内容。 3.3.1 启动子区的基本结构 启动子是一段位于结构基因5’端上游的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确地结合并具有转录起始的特异性。 基因的特异性转录取决于酶与启动子能否有效地形成二元复合物，所以，RNA聚合酶如何有效地找到启动子并与之相结合是转录起始过程中首先要解决的问题。 3.3.2 启动子区的识别 RNA聚合酶是通过氢键互补的方式识别启动子的。 在启动子区DNA双螺旋结构中，腺嘌呤、鸟嘌呤和胞嘧啶上的某些基团是氢键供体或氢键受体。由于它们分别处于DNA双螺旋的大沟或小沟内，因此都具有特定的方位，而酶分子中也有处于特定空间构象的氢键受体与供体，当它们与启动子中对应的分子在一定距离内互补时，就形成氢键，相互结合。 3.3.3 酶与启动子区的结合 在RNA聚合酶与启动子相互作用的过程中，聚合酶首先与启动子区闭合双链DNA相结合，形成二元闭合复合物，然后经过解链得到二元开链复合物。解链区一般在-9～+13之间，而酶与启动子结合的主要区域在其上游。 3.3.4 -10区和-35区的最佳间距 在原核生物中，-35区与-10区之间的距离大约是16～19bp，小于15bp或大于20bp都会降低启动子的活性。保持启动子这两段序列以及它们之间的距离都是重要的，否则就会改变它所控制基因的表达水平。 3.3.5 增强子及其功能 增强子的发现从SV40开始，在SV40的转录单元上发现它的转录起始位点上游约200bp处有两段72bp长的重复序列，它们不是启动子的一部分，但能增强或促进转录的起始，除去这两段序列会大大降低这些基因的转录水平，若保留其中一段或将之取出插至DNA分子的任何部位，就能保持基因的正常转录。 3.3.6 真核生物启动子对转录的影响 启动子是确保转录精确而有效地起始的DNA序列。1979年，美国科学家Goldberg首先注意到真核生物中，由RNA聚合酶II催化转录的DNA序列5‘上游区有一段与原核生物Pribnow区相似的富含TA的保守序列。由于该序列前4个碱基为TATA，所以又称为TATA区(TATA box)——Goldberg-Hogness框。 3.3.7 转录的抑制 转录抑制剂： 1、DAN模板功能抑制剂； 2、RNA聚合酶抑制剂。 表3-7。 3.4 原核生物与真核生物 mRNA的特征比较 mRNA在大肠杆菌细胞内占总RNA的2%左右(tRNA占16%，而rRNA则占80%以上)。 科学家很早就猜想生物细胞内存在能将遗传信息从DNA上转移到蛋白质分子上的信使(或称模板)，但由于mRNA在细菌细胞内的半衰期很短，直到20世纪70年代初才首次将这一重要物质从细胞中分离出来。 3.4.1 原核生物mRNA的特征 1. 原核生物mRNA的半衰期短 细菌基因的转录与翻译是紧密相联的，基因转录一旦开始，核糖体就结合到新生mRNA链的5’端，启动蛋白质合成，而此时该mRNA的3’端还远远没有转录完全。 3.4.2 真核生物mRNA的特征 凡是编码功能蛋白的真核基因都通过RNA聚合酶Ⅱ进行转录。 真核基因几乎都是单顺反子，只包含一个蛋白质的信息，其长度在几百到几千个核苷酸之间。 一个完整的基因，不但包括编码区(coding region)，还包括不编码氨基酸的5’和3’端的特异性序