基于16srrna序列分析红耳龟肠道拟杆菌和厚壁杆菌菌群多样性16s.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2013 年， 第32 卷，第6 期，第700-706页 Genomics and Applied Biology, 2013, Vol.32, No.6, 700-706 研究论文 Research Article 基于16S rRNA 序列分析红耳龟肠道拟杆菌和厚壁杆菌菌群多样性 1 1* 1,2 * 杜爽 张文飞 史海涛 1 海南师范大学生命科学学院, 热带动植物生态学省部共建教育部重点实验室, 海口, 571158; 2 中国科学院成都生物研究所, 成都, 610041 * 共同通讯作者, drwfzhang@, haitao-shi@263.net 摘 要 脊椎动物肠道内定植了大量的微生物群落，在正常肠道菌群中，拟杆菌菌群和厚壁杆菌菌群作为优 势菌群存在，对宿主的生理健康起着重要的作用。为了更好地了解外来入侵物种红耳龟的肠道拟杆菌和厚壁 杆菌菌群多样性组成，本研究提取3 只成体红耳龟粪便的宏基因组DNA ，利用最新的Roche 454 测序技术 对样本菌群的16S rRNA 基因V3~V5 区域进行测序。测序结果显示拟杆菌菌群为2 纲5 科11 属，其中拟杆 菌纲(98.82±1.24)%是绝对优势菌群；厚壁杆菌菌群被鉴定为3 纲 11 科38 属，主要由梭菌纲(95.81±0.88)% 构成。此外，测序还检测到大量未知的拟杆菌类群(4.38±1.64)%和厚壁杆菌类群(14.96±8.15)%。本研究表明 成体红耳龟粪便中拟杆菌菌群和厚壁杆菌菌群具有多样性。基于 16S r RNA 基因的Roche 454 测序分析可 以很好地揭示肠道菌群的组成结构。 关键词 红耳龟, 肠道菌群, 拟杆菌, 厚壁杆菌, Roche 454 测序, 16S rRNA 基因 16S rRNA-Base Analysis of Bacteroidetes and Firmicutes Diversity in the Microbial Flora of the Red-eared Slider (Trachemys scripta elegans) Intestinal Tract Du Shuang 1 Zhang Wenfei 1* Shi Haitao 1,2 * 1 Ministry of Education Key Laboratory for Tropical Animal and Plant Ecology, College of Life Science, Hainan Normal University, Haikou, 571158; 2 Chengdu Institute of Biology, Chinese Academy of Sciences, Chengdu, 610041 * Co-corresponding authors, drwfzhang@, haitao-shi@263.net DOI: 10.3969/gab.032.000700 Abstract The intestinal tract of a vertebrate colonizes many microbial communities. In the normal intestinal flora, bacteroidetes and firmicutes as the dominant microbial, play an important role in host physiology health. In order to better understand the invasive species red-eared slider intestinal microflora of bacteroidetes and firmicutes diversity, we extracted the metagenomic DNA and analyzed the fecal microflora of 3 adult individuals using the Roche 454 sequencing technology. Fecal bacteria were characterized by amplifying the V3~V5 region of bacterial 16S rRNA gene. The sequencing result showed that b