高通量测序检测金针菇rnai转化子插入位点及拷贝数-北京玛格泰克.pdfVIP

菌物学报 jwxt@ 15 July 2015, 34(4): 694-702 Http:// Mycosystema ISSN1672-6472 CN11-5180/Q © 2015 IMCAS, all rights reserved. 研究论文 Research paper DOI: 10.13346/j.mycosystema.150089 高通量测序检测金针菇RNAi 转化子插入位点及拷贝数 丑天胜 王威 施乐乐 卢园萍 邓优锦 谢宝贵* 福建农林大学生命科学学院菌物研究中心 福建 福州 350002 摘 要：本研究对金针菇Flammulina velutipes 的一个RNAi 转化子菌株 1382R3 进行了高通量测序，以本实验室先前获 得的野生型 W23 基因组数据为参考，分析了该转化子的基因插入位点以及拷贝数。转化子菌株 1382R3 是通过农杆菌 介导将fv-hmg1 -RNAi 载体转化至金针菇菌株并通过 PCR 检测筛选标记而得到。通过 BLAST 将转化子测序的 reads 对外 源载体和基因组定位，找到具有基因组序列（GS ）和外源载体序列（ES ）两种序列的临界 reads，并据此使用 PERL 语 言程序成功在转化子 1382R3 菌株中找到两个插入位点