微生物群落功能组成多样性分析报告.PDF

广东美格基因科技有限公司 微生物群落功能组成多样性分析报告 广东美格基因科技有限公司 目录 一、项目流程 1 1.1 实验流程 1 1.1.1 基因组DNA 提取 1 1.1.2 PCR 扩增2 1.2 生物信息分析流程3 二、分析结果4 2.1 测序数据处理4 2.1.1 测序数据格式及测序质量值说明4 2.1.2 数据处理方法说明5 2.1.3 结果展示5 2.2 OTUs 聚类及物种注释9 2.2.1 OTUs 聚类及物种注释方法说明9 2.2.2 结果展示9 2.3 物种进化树分析 14 2.3.1 分析说明 14 2.3.2 结果展示 15 2.4 Alpha 多样性 15 2.4.1 Alpha 多样性概述 15 2.4.2 结果展示 16 2.5 Beta 多样性21 2.5.1 Beta 多样性概述2 1 2.5.2 结果展示21 2.6 LEfSE 分析27 2.6.1 LEfSE 分析概述27 2.6.2 结果展示28 2.7 群落功能预测分析30 2.7.1 群落功能预测分析概述30 2.7.2 结果展示30 2.8 RDA/CCA 分析31 2.8.1 RDA/CCA 分析概述31 2.8.2 结果展示32 三、结果文件说明34 四、文献引用36 五、常见问题37 广东美格基因科技有限公司 一、项目流程 主要包括三个部分，分别为（1）目的片段的PCR 扩增，（2 ）Illumina 高通量测序，（3 ） 生物信息分析。 1.1 实验流程 1.1.1 基因组DNA 提取 以Powersoil 土壤DNA 提取试剂盒为例。 （1）称取0.4g 土壤于PowerBead tubes 中。 （2 ）加入60µl 的C1 溶液，涡旋振荡25min 。 （3 ）10000×g 离心1min，转移上清液至2mL Collection Tube 中。 （4 ）加入250µl 的Solution C2，涡旋5 秒，4 ℃孵育8min。 （5 ）10000×g 离心1min，转移上清至新的2mL Collection Tube 中。 （6 ）加入200µl 的Solution C3，涡旋5 秒，4 ℃孵育8min。 （7 ）10000×g 离心1min，转移上清至新的2mL Collection Tube 中。 （8 ）加入1200uL Solution C4，涡旋5 秒。 （9 ）吸取675uL 上清液移至于Spin filter 中，10000×g 离心1min，弃滤液。重复以上步骤， 直至移完剩余溶液。 （10）加入500uL 的Solution C5 至Spin filter 中。 1 广东美格基因科技有限公司 （11）10000×g 离心1min，弃滤液。空转离心2min 。