动态－静态混合的时序蛋白质网络构建方法 a method of constructing temporal protein networks by hybridizing dynamic and static proteins.pdfVIP

第４８卷　 第 １１期 哈　 尔　 滨　 工　 业　 大　 学　 学　 报 Ｖｏｌ４８ Ｎｏ１１ 　 　 ２０ １６年１１月 ＪＯＵＲＮＡＬ ＯＦ ＨＡＲＢＩＮ ＩＮＳＴＩＴＵＴＥ ＯＦ ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ Ｎｏｖ． ２０１６ 　 　 　 　 　 　 ｄｏｉ：１０．１１９１８／ ｊ．ｉｓｓｎ．０３６７⁃６２３４．２０１６．１１．００７ － 动态 静态混合的时序蛋白质网络构建方法 １，２，３ １ １ １ 代启国 ，郭茂祖 ，刘晓燕 ，王春宇 （１．哈尔滨工业大学 计算机科学与技术学院，哈尔滨 １５０００１；２．大连民族大学 计算机科学与工程学院，辽宁 大连 １１６６００； ３．大连市民族文化数字化重点实验室（大连民族大学），辽宁 大连１１６６００） 摘　 要： 目前已公开的蛋白质网络多为静态网络，不能有效描述细胞中蛋白质的动态活动特点． 通过融合基因表达数据，研究 人员可以构建出描述蛋白质动态性的时序蛋白质网络． 现有方法假设所有蛋白质都是动态变化的，而事实上除动态蛋白质外 － 细胞中还包含相对稳定的静态蛋白质． 为此，提出了一种基于动态 静态蛋白质混合的时序网络构建新方法． 该方法根据基因 表达变化情况将蛋白质分为动态和静态两类，并在构建各时刻网络时考虑动态与静态蛋白质之间的相互作用关系． 实验结果 表明，利用本文方法构建的时序蛋白质网络可以提高蛋白质复合体识别的准确性，从而验证了本文方法的可行性． 关键词：时序蛋白质网络；蛋白质相互作用；基因表达；生物网络；蛋白质复合体识别 － － － 中图分类号：ＴＰ３９１ 文献标志码：Ａ 文章编号：０３６７ ６２３４（２０１６）１１ ００４１ ０６ Ａ ｍｅｔｈｏｄ ｏｆ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇ ｔｅｍｐｏｒａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ ｎｅｔｗｏｒｋｓ ｂｙ ｈｙｂｒｉｄｉｚｉｎｇ ｄｙｎａｍｉｃ ａｎｄ ｓｔａｔｉｃ ｐｒｏｔｅｉｎｓ １，２，３ １ １ １ ＤＡＩ Ｑｉｇｕｏ ，ＧＵＯ Ｍａｏｚｕ ，ＬＩＵ Ｘｉａｏｙａｎ ，ＷＡＮＧ Ｃｈｕｎｙｕ （１．Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｈａｒｂｉｎ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｈａｒｂｉｎ １５０００１，Ｃｈｉｎａ； ２． Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｄａｌｉａｎ Ｍｉｎｚｕ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｄａｌｉａｎ １１６６００，Ｌｉａｏｎｉｎｇ，Ｃｈｉｎａ； ３．Ｄａｌｉａｎ Ｋｅｙ Ｌａｂ ｏｆ Ｄｉｇｉｔａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｆｏｒ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｄａｌｉａｎ Ｍｉｎｚｕ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ），Ｄａｌｉａｎ １１６６００，Ｌｉａｏｎｉｎｇ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｐｕｂｌｉｃ ａｖａｉｌａｂｌｅｐｒｏｔｅｉｎ ｎｅｔｗｏｒｋｓａｔ ｐｒｅｓｅｎｔ ａｒｅ ｓｔａｔｉｃ，ｗｈｉｃｈ ｃｏｕｌｄ ｎｏｔ ｂｅｕｓｅｄｔｏ ｄｅｓｃｒｉｂ