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新版blast本地化构建+数据库下载+序列间的相似性检索 Ethnobotany 前面记录了 blast-2.2.23-ia32-win32 的本地化构建及相似性检索，NCBI 新近对 blast 程序 做了一些修改推出了 blast+ ，这里结合网上资料、blast+ 的user manual 对 blast+ 的本地化构 建及使用作一引荐。 1blast+的本地化构建 链接到：/blast/executables/blast+/LATEST 下载 ncbi-blast-2.2.23+-ia32-win32.tar.gz （绿色版），解压到d 盘，并将文件夹更名为 blast （我 习惯这样做，因为在 dos 中写命令时方便），这样就安装完毕了，blast 下具 2 个文件即 bin 和 doc 。 2 数据库下载 2.1 法 1：直接从NCBI 下载 subject 序列去掉 txt 的扩展名做成数据库即*db，然后将 query 序列的 txt 扩展名掉做成查询文件*in。（格式必须是fasta，名字可以自己随便命名） 2.2 法 2 ：从NCBI 中的ftp 库下载所需要的某一个库或几个库，其链接为 /blast/db/ 2.3 法 3 ：利用新版blast 自带的update_blastdb.pl 进行下载，这需要安装 perl 程序。 2.3.1 perl 程序的下载和安装 可 google “Perl for Windows ”获得，也可直接按此连接 /releases.html下载并，安装到任何盘均可。 2.3.2 运行 update_blastdb.pl 进行下载 开始运行cmd+确认进入 dos 系统输入以下命令打开 bin 文件夹。 接着输入下述命令回车查看操作帮助（这一步可以不做，不妨碍后续操作） 还可输入下述命令回车查看 NCBI 中的库（无需登录NCBI 你就可以看到你所需要的 库） 以下载载体库（vector ）为例演示如何下载库。输入如下命令回车即可。 直到后面出现 done 即表示已经下载完毕。如果下载其他数据库，你就可以在上面的 perl update_blastdb.pl 后面的 vector 换成其它数据库的名字即可。 再做本地 blast 时即可以你下载的压缩文件名代替你bin 中*db 数据库，进行搜索。 上述三种方法各有优缺点，前两种下载速度较快，但是每次进行检索都需要对数据库进 行格式化（转化成二进制数据），第三种方法下载速度较慢，但是是 NCBI 中已经格式化好 的，在进行本地检索时不需再进行格式化，直接用即可。 3 序列间的相似性检索 以人的BCL2-like mRNA 检索人类的 mRNA 库为例介绍核酸序列的本地检索。 3.1 下载人类的mRNA数据库（只能用后 2 种方法的其中一种），这里用ftp下载，速度较快， 其链接为/refseq/H_sapiens/mRNA_Prot/human.rna.fna.gz 解压后置于 blast 的bin 文件夹下。 3.2 去 NCBI 下载 BCL2-like 的 mRNA 序列，其登录号为 NM_207002.2 用作你做该实验的 query 序列，将该序列置于 bin 中命名为human ，并去掉扩展名。 3.3 格式化数据库 开始运行cmd+确认进入 dos 系统输入以下命令打开 bin 文件夹。 输入以下命令对数据库进行格式化。 -in 参数后面接将要格式化的数据库，-parse_seqids, -hash_index 两个参数一般都带上，主要 是为 blastdbcmd 取子序列时使用，-dbtype nucl 告诉程序这是核酸数据库。 3.4 运行 blastn （blast+ ） 输入以下命令进行数据检索。 这样即可在 bin 下查看结果。 以上实验所输入的全部命令如下： 4 蛋白序列间的比对检索 数据库格式化命令：makeblastdb.exe –in db –parse_seqids –hash_index –dbtype prot 比对命令：blastp.exe –task blastp –query in –db db –out test.txt 关于参数的说明： blastp.exe 程序执行命令，exe 前的程序根据自己的需要而换； -task 后面选择你所要用的程序，blastn,bla