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用Perl实现在Windows下本地化运行BLAST
生 物 信 息 学 China Journal of Bioinformatics 技术与方法
用 Perl 实现在 Windows 下本地化运行BLAST
范彦辉 ,陶士珩
( 西北农林科技大学生物信息学研究中心 ,陕西 杨凌 712100)
摘要 :通过编写 Perl 脚本实现 BLAST 的本地化运行 ,使不懂编程的人也能在 windows 下进行自己的BLAST 。
关键词 :BLAST Perl 序列比对
( )
中图分类号 :TP316 文献标识码 :A 文章编号 :1672 - 5565 2008 - 04 - 178 - 04
Run stand - alone BLAST on Windows using Perl script
FAN Yan - hui ,TAO Shi - heng
( B ioinf ormatics center , Northwest A F University , Yangling Shanxi 712100 , China)
Abstract :To run stand - alone BLAST on windows operating system ,a Perl script was written to help those who know little about programming
language .
Key Words :BLAST Perl Sequence alignment
1 软件安装 pathdata 是指 blast 程序中 data 所在的地址 ,在本文中 ,C : \
WINDOWS \ NCBI. ini 文件的内容是 :
1. 1 Perl 在 windows 操作系统下的安装 [NCBI]
Perl 是 Practical Extraction Report Language (实用析取报表 Data = C :blastdata
)
语言 的缩写 ,他是由Larry Wall 最初设计编写的。Perl 是被
设计成跨平台运行的 ,可用于 UNIX 、Linux 、MAC 和 Windows 2 BLAST 的本地化运行
等环境下编程[ 1] 。Perl 5 的Windows 版可以从 Internet 上免费
( )
下载 。ActivePerl 是由ActiveState 公司 www. ActiveState . com 2 . 1 通过“命令提示符”实现本地化运行
开发和维护的 ,是完全 Win 32 化的 Perl ,对于支持 Windows 运行 BLAST 必须有用来查询 的序列和被查询 的数据
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