circRNA的数据挖掘-ceRNA调控机制分析.PDFVIP

circRNA 的数据挖掘-ceRNA调控机制分析 表达谱产品线 李睿 circRNA介绍 • 环状RNA （Circular RNA，circRNA ）不同于经典生物学认识的线性RNA分子，是 一大类具有闭合环状结构的特殊非编码RNA。环状RNA大量存在于真核细胞中， 通常具有组织或发育阶段的表达特异性，且多数序列高度保守，是扮演重要调 控作用的新明星分子。circRNA 由于呈闭合环状结构，不受RNA外切酶影响，表 达更稳定，不易降解。这使得环状RNA在作为新型临床诊断标记物的开发应用 上具有明显优势。 • circRNA在功能上可能具有转录后调控、与RNA结合蛋白相互作用而调控其 他RNA、编码蛋白等功能。而目前对于circRNA 的研究还只是冰山一角，有大量 的基础研究工作有待进行 ceRNA 分析 • 背景: 在最近几年，一些研究显示一些circRNA作为miRNA的海绵吸附作用。就是竞 争内源性RNA （ceRNA ），为了减少miRNA作用于它的靶基因。 • 思路: 建立了一个计算的机制来使circRNA作为ceRNA来保护mRNA不受miRNA的降解。 基于基因的表达值，通过回归模型分析以及种子序列的匹配的方法，建立 microRNA的海绵吸附作用的调控网络。 • 重点： 研究实验组与对照组不同类型的ceRNA机制，找到特异性的ceRNA 。比如在 正常样本中存在miRNA的调控机制，而在癌症组织中就消失了这样的机制。 • 有两种海绵吸附的方式为： • 单纯的海绵吸附： • 复杂的转录因子的海绵吸附： 目前所做的ceRNA 分析 • microRNA与circRNA 的联合 通过microRNA与circRNA 的序列匹配，从而找到microrNA与 circRNA 的关联分析，从而揭示circRNA与microrNA的调控关系。 局限性 • 只有miRNA与circRNA之间的关系，无法体现miRNA，circRNA，mRNA三者之间 的调控关系。 • 用二维的来实现三维的关系 • 不能直接推测circRNA 的功能 计算原理 • 表达值计算：利用表达值建立circRNA，mRNA，miRNA三者之间的关系S，用来 推断miRNA是否调控circRNA和mRNA，并找出三者的关系对。 • 种子序列匹配分析：miRNA和mRNA的靶基因的关系，miRNA和circRNA 的靶基 因的关系。 • 关联必须满足circRNA和mRNA两者的表达的相关系数很高，关系S值很高，与 miRNA有序列匹配的关联。 具体详解 • 海绵吸附： • circRNA和mRNA，类比于同源基因 • miRNA调节它们的相互作用 • 建立cirRNA，mRNA与miRNA多元分析的模型。计算三者之间的相关性 统计方法 • 我们建立两个回归模型： • 1. mRNA的表达趋势为自变量X ，miRNA的表达趋势为Z • 2.circRNA 的表达趋势为自变量Y ，miRNA的表达趋势为Z 。来推断Z是否调节X-Y 相互作用。 种子序列匹配分析 • 完全匹配成熟miRNA的5’端的2到7的位置是最低匹配要求来预测miRNA的靶基 因。 • 用mRNA的3’UTR序列发生6个种子序列的反向互补。 • 对于circRNA来说用整个的转录序列和miRNA的种子序列发生反向互补。 ceRNA调控网络 线代表不同的 microRNA，青 色为mRNA，红