系统进化树及构建.pptVIP

一.怎样建树;选择需要的建树方法: (1)一般来讲，如果模型合适，ML的效果较好。 (2)MP一般不用在远缘序列上，这时一般用NJ或ML。 (3)对相似度很低的序列，NJ往往出现Long-branch attraction（LBA，长枝吸引现象），有时严重干扰进化树的构建。 (4)一些人认为贝叶斯的方法最好，其次是ML，然后是MP。其实如果序列的相似性较高，各种方法都会得到不错的结果，模型间的差别也不大。 ; （5）对于进化树的构建，如果对理论的了解并不深入，需要选择模型的时候用NJ或者ML建树。 （6）一般推荐用两种不同的方法构建进化树，如果所得到的进化树类似，则结果较为可靠。 （7）Bootstrap几乎是一个必须的选项。一般Bootstrap的值70，则认为构建的进化树较为可靠。如果Bootstrap的值太低，则有可能进化树的拓扑结构有错误，进化树是不可靠的。;建树软件的选择： (1)构建NJ树，可以用PHYLIP或者MEGA。MEGA是Nei开发的方法并设计的图形化的软件，使用非常方便。推荐MEGA软件为初学者的首选。 (2)构建MP树最好的工具是PAUP，但该程序属于商业软件，并不对学术免费。推荐使用MEGA来构建MP树。理由是，MEGA是图形化的软件，使用方便。 (3)构建ML树可以使用PHYML，速度最快。ML的模型选择是看构出的树的likelihood值，从参数少，简单的模型试起，到likelihood值最大为止。ML也可以使用PAUP或者PHYLIP来构建。 ;（4）一般通过NJ构建进化树，并且进行Bootstrap分析所得到的结果已足够。如果序列近缘，可以再使用MP构建进化树，进行比较。如果序列较远源，则可以做ML树比较。使用两种方法得到的树，如果差别不大，并且Bootstrap总体较高，则得到的进化树较为可靠。 （5） 如果使用MEGA进行分析，选项中有一项是“Gaps/Missing Data”，一般选择“Pairwise Deletion”。其他多数的选项保持缺省的参数。;;; 小结： 在实用中，只要的方法、模型合理，建出的树都有意义，可以任意选择自己认为好的一个。 选择软件时最重要的问题是：你需要解决什么样的问题？如果分析的结果能够解决你现有的问题，那么，这样的分析足够了。因此，在做进化分析前，可能需要很好的考虑一下自己的问题所在，这样所??的分析才有针对性。;二 .用MEGA 建树; 2.序列分析:(1)启动. ;单击后，会出现如下界面：;这里有三个选项分别对应三种不同的情况：以下分别予介绍： Create a new alignment ：是在你没有任何比对的时候使用，比如你只有一个fasta 格式的序列就可以选择这个选项。 Open a saved alignment session：使用它可以打开一个我们已经比对好的序列文件. Retreve a sequence from a file ：这种情况同第一种情况相似，只是不用选择是DNA 还是蛋白质序列比对，选择的也是fasta 格式的文件，打开后的界面都是一样的。;然后从 data 菜单选择输入数据文件如图：;选择你保存的 fasta 格式序列后就会出现：;下面这个是序列数据管理的管理界面，此外我们还可以通过主界面上的data/open data 路径打开，效果是一样的，注意这里打开的只能是刚才保存的后缀是.MEG 的文件。;当这个序列数据界面出来后，注意软件的主界面发生了一定的变化，多出了几个功能菜单：;Phylogeny;;点击 Bootstrap consensus tree 得到我们所需要的结果;;邻接法 Neighbor Joining。当所考虑的谱系间进化速率可变时，邻接法特别适用。邻接法能给出枝长最小平方估计的序列，即能最真实的反映序列间的真实距离。邻接法得到的进化树也是无根树.;最小进化法 Minimum Evolution。该方法和邻接法基本相似.;三.用Phyml建树;导入数据进行运算;运算结束后按任意键会保存运算后的数据结果。;3. 再用MEGA打开运算后保存的数据，数据的格式是phyml_tree。;接着选择所保存好的文件;就会出现我们构建的一个树结构了。;谢谢！