应用免疫算法研究肌醇1,4,5-磷酸三酯受体通道模型参数分布特性.pdfVIP

生物物理学报 2013年 12月 第29卷 第 12期：937．948 ACTABIOPHYSICASINICAVo1．29No．12Dec．2013：937．948 www．cjb．org．cn 应用免疫算法研究肌醇 1,4，5．磷酸三酯 受体通道模型参数分布特性 蔡秀红 ，魏 芳 ， 陈剑勇2， 董斯瑜 ， 帅建伟 1．厦门大学物理与机 电工程学院物理系，福建厦门 361005； 2．深圳大学计算机与软件学院，广东深圳 518000 收稿 日期：2013—10—09；接受 日期：2013—12。05 基金项 目：国家杰出青年科学基金项H，福建省高校领军人才资助计划，教育部新世纪优秀人才 支持计划(NCET一12—0649) 通讯作者：帅建伟，电话：(0592)2182575，E-mail：jianweishuai@xmu．edu．cn 摘要：肌醇 1，4，5-磷酸三酯受体 (inositol1,4，5一trisphosphatereceptor，IP )是 内质 网钙离子释 放的重要通道，对细胞信号的传递至关重要。国内外已经提出一些IP 通道模型，用来解释拟 合IP 通道膜片钳实验数据，其中的DeYoung．Keizer模型在数值模拟中应用最为广泛。随着 人工免疫系统研究的迅速发展，人工免疫算法已经在多目标优化 问题上取得了广泛应用。作者 应用混合免疫多目标优化算法，根据爪蟾卵母细胞和草地夜蛾细胞核膜IP 通道 的开放概率、 平均开放时间和平均 闭合时间的动力学实验数据 ，对DeYoung．Keizer通道模型进行参数拟合 ， 获得大量优化的拟合参数，从而得到通道模型参数分布 图。通过对 比两种细胞 的拟合参数分布 ， 指 出这两种不同细胞IP 通道的开关动力学差异，主要来源于抑制 Ca2+结合时IP结合位点和 当IP结合时抑制Ca2．结合位点的结合动力学不同。 关键词：钙信号；IPR通道；免疫算法 中图分类号：Q61 D0I： 】0．3724／SP．J．1260．2013．30143 引 言 细胞质基质中自由钙离子 (Ca2+1浓度的变化代表着一种胞内信号机制，这种信号机制 控制许多细胞过程，如细胞增殖、新陈代谢和基因转录等 【。在几乎所有种类的细胞中， 一 个普遍 的钙信号调控机制是钙离子通过肌醇 1，4，5．磷酸三酯受体 (inositol1,4， 5-trisphosphatereceptor，IP3R)通道从内质网释放到细胞质基质。IP 通道的开放与关闭控 制钙离子的释放，从而间接控制各种钙依赖的细胞信号和细胞过程。因此，了解 通道 的开放与关闭动力学对研究细胞钙离子信号有着重要意义，【。 实验上，主要是应用膜片钳技术测量一些给定条件下离子通道的电流变化，从而讨论 通道的开放和关闭行为3~【叼。为了系统地讨论离子通道动力学如何定量地随外界条件而变 化，人们总是建立一定的模型来拟合离散的实验数据。国内外学者建立 了不同的IP 通道 937 生物物理学报 2013年 第29卷 第 12期 模型，用于解释不同的IP 通道膜片钳实验结果3[~sl，并进一步运用这些通道模型系统地研 究钙离子信号振荡动力学p 。 广泛应用的模型主要是DeYoung．Keizer模型7[]及其简化模型 ,【91。DeYoung．Keizer模 型 由三个相 同的独立亚基构成 。每个亚基有一个肌醇 1，4，5一磷酸三酯 (inositol1,4， 5-trisphosphate，IP3)结合位点、一个激活Ca2+结合点和一个抑制 C 结合位点。而其简化 的Li—Rinzel模型则具有 Hodgldn—Huxley神经元通道模型的动力学形式8[]。Mal(等 0【l提出了 四加二构造模型，该模型提出口 通道靠近细胞质一侧是由四个 IP 单体构成，每个 IPR 单体有一个 IP结合位点和三个不同作用的钙结合位点。Baran[“1提出的模型由激活模块、 抑制模块和适应模块组成，激活模块和抑制模块都是由钙离子、I 和三磷酸腺苷 (ATP) 控制，而适应模块是由钙离子和 控制。Sneyd和Dufoudt2]针对2型的IP 通道建立了一 个动力学模型，该模型没有考虑四个亚基结构，而是将整个通道作为一个整体来处