实习一：ENTREZ序列查询、新序列提交与 Dotplot 序列比对.doc

实习一：ENTREZ序列查询、新序列提交及 Dotplot 序列比对 学号 姓名 专业年级 实验时间 提交报告时间 实验目的： 1. 了解三大在线数据库的资源 2. 学会用Entrez系统查找目标序列 3. 学会用BankIt系统提交新序列 4. 学会用Dotplot进行序列比对 实验内容： 依据实验教材学会使用三大在线数据库的资源、Entrez系统查找目标序列、BankIt系统提交方法及Dotplot软件进行序列比对并预测结构。 作业： 1. Introduce the following NCBI databases in your own words：Taxamony, GSS, HomoloGene, CDD，PubMed，UniGene, RefSeq, MeSH. Taxamony, 是一个包含公共序列数据库所有物种的术语和分类的数据库，包括了目前已描述的物种的约10%。 GSS, 全称Genome Survey Sequence，GSS数据库收录了一系列出现于GENBANK基因组序列中的未标注的短的基本序列，包括克隆末端随机序列和捕捉外显子的序列。 HomoloGene, HomoloGene数据库是一个在真核基因组序列中自动化探测已标注的同系物的系统。 CDD,全称conserved protein domain 数据库，CDD数据库中收录了已标注功能的蛋白质单元。它作为NCBI所属的一个数据库，提供了大量的域模型，能通过3维结构来研究序列结构和功能的关系。 PubMed，生物医学文献引文及摘要数据库PubMed收录了来自于美国医学索引（MEDLINE）的超过2千2百万篇医学、生命科技期刊及电子文献。引文可以通过PubMed中心或出版社网站链接查看全文。 UniGene, 通过基于基因的转录序列簇，UniGene能够通过计算鉴别由同一位置表达的转录序列，分析不同组织，年龄，健康状况的基因表达差异，并提供相关的蛋白质和基因克隆资源。 RefSeq,一个综合的，完整的，没有冗余的数据库，能提供已标注的基因组，转录和蛋白相关的参考序列。 MeSH：全称Medical Subject Headings，是美国国家医学图书馆（NLM）用于在PubMed中检索文章的词典程序。 2. Introduce the following EBI databases in your own words：ENA, UniProt, PRIDE, Pfam, IntAct, chEMBL, Ensemble, PDBe。 ENA, 全称European Nucleotide Archive，记录了欧洲分子生物学实验室数据库（EMBL-Bank）中词条的历史变化。 UniProt, 全称The Universal Protein Resource，提供综合的，已有功能标注的高质量的蛋白质序列资源的数据库。 PRIDE,全称The Proteomics Identifications Database，包含了通过质谱分析法分析的蛋白表达的档案，是一个能提供蛋白质、短肽鉴定、翻译后修饰质谱证据的公共数据库。 Pfam, 是一个通过隐马尔科夫模型，多重比对，分析大量的蛋白家族来提供保守蛋白域的数据库。 IntAct, 一个用于研究分子间互作的数据库。IntAct提供了研究分子间互作的开源的分析程序和大量基于文献的数据。 chEMBL, 药物发现与生物活性的数据库，提供了药物作用靶位点及靶位点上的小分子活性，为临床研究与药物研发提供基于相关文献的可靠数据。 Ensemble, Ensembl提供了来自脊椎动物及其他真核生物的已经标注的基因，用于基因组方面的研究。 PDBe,全称Protein Data Bank in Europe，提供来自于PDB和EMDB的生物大分子及其复合体的3D结构数据。包含PDBe EM Resources,和PDBe NMR Resources两个子库。 3. Search the nucleotide database for the DNA topoisomerase 1 from yeast; give the search details that you used to find this sequence (search term). 过程：进入ENTREZ：/sites/gquery ； 搜索框中输入先搜 DNA topoisomerase 1；在第一次的结果下方选择“nucleotide”； 接下来点击“Adv