第一章 动力学模拟实验详解2013.pdf

中山大学化学与化学工程学院现代化学实验与技术（物理化学实验） 2013 分子平衡与动态行为的动力学模拟实验详解 实验目的： （1）掌握运用Hyperchem 正确设置力场参数及几何优化参数，进行分子力学几何优化； （2 ）掌握分子动力学、Langevin 动力学及 Monte Carlo 模拟方法; （3 ）通过动力学或Monte Carlo 模拟，获取低能量的结构和热力学参数。 实验注意： （1）穿实验服 ；实验记录用黑色，蓝色或蓝黑色钢笔或签字笔记录；实验数据记录不需要画表格 ； （2 ）实验前请先仔细阅读前面的软件使用介绍，然后逐步按照实验步骤所写内容进行操作； （3 ）截图方法：调整视角至分子大小适中，按下键盘上的 PrintScreen 按键截图，从“Windows 开始菜单”打开“画图”工具， 按 Ctrl+v 或“编辑­粘贴”，去掉四周多余部分只留下分子图形，保存图片； （4 ）所有保存的文件全部存在 E 盘或 D 盘根目录用自己学号命名的文件夹下，不要带中文命名，实验完毕全部删除 ，不 得在计算用机上使用自己携带的 U 盘或其他便携存储设备！ 实验步骤： 一、建立丙氨酸两性离子模型 （1）点击Display – Labels...选中 Symbol 并确定，根据不同建模方法用下面其中一种方法搭建分子模型： 1、画出丙氨酸两性离子基本构型（氢原子可先不画） 2、从 Databases – Amino Acids – Ala 建立大致模型 添加缺少的一个羧基氧和两个氨基氢原子， 分别 分别双击两个 C­O 键，更改其键型为共轭键 ； 双击两个 C­O 键，更改其键型为共轭键 。 从菜单选择 Build – Add Hydrogens 加上 H 原子。 （2 ）单击工具栏建立分子模型工具（或 Build – Model Build / Add H  Model Build ） ，建立模型后还少一个氢原子 的，确认 Build – Allow Arbitrary Vsalence 为选中状态，手动增加氢原子上去后再点击一次建立分子模型工具或 Build – Model Build / Add H  Model Build。 1 吴景恒 中山大学化学与化学工程学院现代化学实验与技术（物理化学实验） 2013 （3 ）点击Select – Atoms 使其为选中状态，选择 C­O 两个原子记录键长数据；取消选择全部原子，选择 Cα­C­O 三个 原子记录键角数据；取消选择全部原子，选择 N­Cα­C­O 四个原子记录二面角数据（由于有两个氧原子，两组键长， 键角和二面角都记录 ）。 （4 ）取消选择全部原子，Display – Labels 选中 Charge 并确定，请根据建模方法的不同设定不同电荷 ： 1、手工建立模型 2、直接从菜单建立丙氨酸模型 取消选择全部原子，选中两个氧原子，通过 Build 取消选择全部原子，选中电荷显示为 0.000 的新增 – Set Charge 设置原子电荷为­0.5 ，然后取消选择全部原 氧 原 子 ， 在 Build – Set Charge 中 设 置 原 子 电 荷 为 ­ 子，选中氮原子，设置原子电荷为 1.0。 0.568 ，然后取消选择全部原子，选中氮原子所连接电荷 显 示为 0.000 的 两个 新增 氢原 子， 设置 原子 电荷 为