病原菌与环境中重微生物的功能基因分析.doc

12. 病原菌与环境中重要微生物的功能基因组分析 Dorothea K Thompson Jizhong Zhou 魏华译；刘妍初校；朱晨光复校 12.1 介绍 病原菌的致病机理，特别是动物宿主与引起它们患病的病原菌之间相互作用的分子基础与分子调节是非常复杂的，并且涉及多个毒力因子的共同控制。生理特性与毒力特性的广谱性是多种基因功能表达紧密协调的一种反映。通常，病原菌的感染循环始于黏附并定植于宿主，然后（有时）细菌侵袭宿主组织或细胞，存在于宿主细胞中并在宿主细胞中繁殖，最后释放出来再感染新的宿主（参见Finlay与 Falkow1997年发表的一篇综述）。微生物感染被复杂的调节网络所调控，包括种特异性的细胞与细胞之间的交流。20世纪90年代中期, 流感嗜血杆菌（Helicobacter pylori）（Mtuberculosis）生殖道支原体Mycoplasmagenitalium)(Fraser等人， 1995)，铜绿假单胞菌单核细胞增生性李斯特菌炭疽芽胞杆菌耐放射异常球菌一个微生物全基因组的生物信息学分析可用来寻找与感染相关的基因，以及潜在的抗生素药物作用的新靶点。比较分析多个种系相差很大的病原微生物和种系相近的病原微生物，可以揭示天然群落中细菌基因的易变性，种属多样性的分子机制，以及细菌致病机理的进化与引起不同发病情况的菌株特异性的基础。由于大量的古菌已被测序，比较基因组可以揭示古菌（特别是crenarchaeal和euryarchaeal分支）、细菌、真菌之间的差异。另外，象DNA微阵列这类功能基因组工具对我们理解微生物感染后导致宿主临床病变的一些宿主的基因表达起了非常重要的作用。最早应用微阵列技术对环境中重要微生物功能基因的研究主要针对少量的几个使微生物能在恶劣环境中生存的特定基因，如这些基因的功能、调节网络、基本的表型以及特异的酶系统等。最终，蛋白组学将加深我们对基因功能的了解，为预测毒力因子和未知基因以及了解病原微生物的转录后与翻译后调节作用提供新的视角。 本章将讨论基因组序列与生物信息学分析在鉴定毒力因子中的作用、比较基因组在病原微生物的基因多样性与进化中的作用、基于遗传和微阵列的技术在阐述基因功能、宿主与病原菌相互作用及细菌发病机理的蛋白组学。大量的病原菌序列已被测序，还有一些序列目前正在测定，每一个病原微生物序列的复杂信息就不在这章讨论了。我们将在本章通过介绍我们选择的研究文献，讨论功能基因组与比较基因组对微生物致病性的理解。最后，我们将讨论基因组数据怎样有利于我们对微生物与环境相关表型（如金属还原细菌的生物修复种类岛脑膜炎脑膜炎’末端存在单核苷酸重复、二核苷酸重复或三核苷酸重复。一些假说比如滑动链的错配学说（Levinson 与Gutman等人，1987）或基因重组机制(Van Belkum等人，1998)可解释重复核苷酸序列的改变，而重复核苷酸序列的改变又通过改变读码框基因从而调节表面暴露蛋白的表型。滑动链的错配学说认为通常高重复DNA的三级结构导致重复序列附近DNA序列的错配。根据链的方向与DNA聚合酶介导的DNA合成，DNA 重复可被插入或缺失，引起开放阅读框的移框现象（Coggins O’ Prey，1989；Van Belkum等人，1998）。毒力相关因子的表型变化是病原微生物逃避宿主免疫应答，适应宿主中不同微环境的一个策略（参见Finlay与 Falkow1997年发表的一篇综述）。例如流感嗜血杆菌的菌毛——一种细菌黏附到呼吸道上皮细胞的所必须的黏附蛋白，这种蛋白的相变与二核苷酸TA的重复相关（Van A lphen等人，1991）。与之类似，脂多糖生物合成基因读码框的5’末端包含多个串联CAAT或GCAA重复序列，与翻译的转换 表12.1 病原菌中的短DNA重复序列与其相关功能 种 重复序列 基因 基因的功能 参考文献 流感嗜血杆菌Lic1-lic3 LPS生物合成 Hood 等人(1996a) GCAA YadA 黏附素 Hood 等人(1996a) GACA LgtC 糖基转移酶 Hood 等人(1996a) TTGG Nda 离子结合蛋白 Hood 等人(1996a) AGTC ND 限制性修饰 甲基转移酶 Hood 等人(1996a) TTTA ND 未知的杆菌类似物 Hood 等人(1996a) TA HifA/B 菌毛合成 Van Ham等人(1993,1994) 脑膜炎奈瑟球菌金黄色葡萄球菌Can 胶原质黏附素 Patti等人 (1994) 81bp Coa 凝固酵素 Goh 等人(1992) GAAGAX4AAXAAXCCTXGXAAA Spa 蛋白A Clewell(1993) GAXTCXGAXTCXGAXAGX C