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复杂网络与效率模型及其计算 摘 要 复杂网络在现实世界中广泛存在。近年来，有关复杂网络的研究的一个重要方面是动 力学问题上。鉴于网络的加团效应在生物学中广泛存在，并在经济科学等领域有着重要的 用途，该课题已成为一个研究型热点问题。 本文的工作分为三个方面，第一个方面是关于 GPU 用于科学计算的研究。近年来， 由于CPU 在科学计算方面的不足（例如并行效率不高，投入过高等），将GPU 用于科学计 算已成为一个热门话题。本文主要考虑四个方面的问题，一是 GPU 通用计算编程的简便 性；二是GPU 价格的低廉；三是GPU 与CPU 速度上的比较；四是精度上能否满足要求。 最后，我们发现 GPU 通用计算编程较为复杂，但能为普通科研人员所掌握，如果要达到 相同的浮点运算能力，GPU 的价格要低廉得多，在某些计算中，精度上满足要求。 第二个方面是复杂网络上的效率模型。单团复杂网络上的效率模型已经有人研究，本 文重点通过模拟计算加团复杂网络上的效率模型，并借助于 GPU 来进行模拟。我们模拟 研究了两团小世界网络和两团无标度网络。通过模拟计算发现，对于两团小世界网络，如 果在二者之间添加一条边，那么任意一团的效率速率增长，则另一团的效率亦然；对于无 标度网络，那么在二者之间需要增加足够多的边，那么任意一团的效率速率增长，则另一 团的效率亦然。二者有共同的原因，那就是增加两团的边之后，整个网络的平均距离减少 了，直接导致增个网络的效率速率增长。 本文第三个方面的内容研究了蛋白质相互作用网络的度分布。通过对蛋白质相互作用 网络的度分布进行模拟研究，发现广义指数函数是拟合蛋白质相互作用网络度分布的最优 函数，进而说明蛋白质相互作用网络亦是一个复杂网络，且其复杂性高于大家已知的无标 度网络。 关键词：图形处理器，复杂网络，无标度网络，小世界网络，效率模型，蛋白质相互作用 网络，度分布 I Complex networks and Efficiency model with computation Abstract Complex networks widely exist in our reality. Recently, the dynamics research of complex networks has become an important aspect in the research of complex networks. The effects of communities are found in biology, as well as in economy. A lot of researches are related to this subject. The work in this paper can be divided into three parts: the first is the research on General Purposed GPU. In recent years, because of the deficiency of CPU( e.g. the parallel deficiency, too expensive, etc), the discussing of GPGPU is been becoming very popular. In this paper, four aspects of GPU are considered: 1. the convenience of the GPU’s programming; 2. the cheap price of GPU; 3. the speed between CPU and GPU in some calculations; 4. the precision of GPU. At last, we confirm that the common researchers can learn to code the GPU although i