基于高通量测的全基因组关联研究策略.PDFVIP

Hereditas (Beijing) 2014 年 基于高通量测序的全基因组关联研究策略 1 1, 2 1 3 周家蓬 ，裴智勇 ，陈禹保 ，陈润生 1.北京市计算中心, 北京 100094； 2.中国科学院北京基因组研究所，北京 100101； 3.中国科学院生物物理研究所，北京 100101 摘要：全基因组关联研究 （Genome-wide association study, GWAS ）是人类复杂疾病研究的重要组成部分之 一，在群体水平检测全基因组范围的遗传变异与可观测性状间的遗传关联。传统的GWAS 是以芯片（Array ） 技术获得高密度的遗传变异，尽管硕果累累，但也存在不少问题。如：所谓的 “缺失的遗传力”，即利用关 联分析检测达到全基因组水平显著的遗传变异位点只能解释小部分遗传力；在某些性状上不同研究的结果 一致性较弱；显著关联的遗传变异位点的功能较难解释等。高通量测序技术，也称第二代测序 （Next-generation sequencing, NGS ）技术，可以快速、准确地产出高通量的变异位点数据，为解决以上问 题提供了可行的方案。基于NGS 技术的GWAS 方法 （NGS-GWAS ）可在一定程度上弥补传统GWAS 的不 足。文章对NGS-GWAS 策略和方法进行了系统性调研，提出了目前较为可行的NGS-GWAS 的实施策略和 方法，并对NGS-GWAS 如何应用于个体化医疗 （Personalized medicine, PM ）进行了展望。 关键词：全基因组关联研究；第二代测序；个体化医疗 Strategies of genome-wide association study based on high-throughput sequencing 1 1, 2 1 3 Jiapeng Zhou , Zhiyong Pei , Yubao Chen , Runsheng Chen 1. Beijing Computing Center, Beijing 100094, China ; 2. Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China; 3. Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China Abstract: Genome-wide association study (GWAS) has been playing an important role on human complex diseases. Generally speaking, GWAS tries to detect the relationship between genome-wide genetic variants and measurable traits in the population level. Although fruitful, array-based GWAS still exists some problems, for example, the so-called “missing heritability”‒the significantly associated SNPs can only explain a small part of 收稿日期: 20140326 ；修回日期: 20140905 基金项目: 北京市科学技术研究院海外人才专项(编号：OTP-2011-011,OTP-2012-011 ），国家自然科学 基金面上项目(编号，北京市自然科学基金(重大项目)项目(编号：7120001)和北京 市计算中心萌芽计划项目(编号：BCCMY-2013-01)资助 作者简介：周家蓬，博士，研究方向：基因组学与生物信息学。E-mail: zhoujp@ 通讯作者：裴智勇，博士，研究方向：基因组学与生物信息学。E-mail: peizy@ phenotypic variation. Other problems includ