从零学测序癌症基因组重测序分析第六讲之circos图绘制.pptx.ppt

【测序中国-从零学测序】癌症基因组重测序分析第六讲之circos图的绘制 卜德超 微信/QQ: 530242830 邮箱: budechao@ 中国科学院计算技术研究所 2015-01-07 Circos?是一个Perl语言开发的自由可视化软件，使用GPL协议分发，以绘制输出圈图(原型 Circos 是由加拿大的一位生物信息科学家 Martin Krzywinski 所开发，他同时是一位专业摄影师，最初他主要从事Linux系统管理等工作风格的图)为最大特色 Circos介绍 Circos案例 基因组数据的可视化 Linux内核发展的可视化 影视作品人物关系的可视化 Circos绘图流程 Perl 安装 Circos 安装 Links Highlight Heatmap Histogram Circos.conf Patterns.conf Colors.conf Image.conf Fonts.conf Housekeeping.conf 安装 配置文件 配置文件导入 图形类型 。。。 Scatter plot Circos产生静态图片。这些图片的产生过程是通过一个配置文件来实现的。这个配置文件通常会导入其他配置文件，形成一个个分级结构。设置好这个配置文件，基本上就掌握了circos。 。。。 Windows上安装Circos 安装 安装Strawberry Perl或者ActiveState Perl （不低于5.8） DOS命令行下perl –v检测perl是否安装成功及查看版本 下载Circos包，解压 DOS命令行下即可运行Circos，例如在circos/example下执行perl ..\bin\circos –conf etc\circos.conf 如果运行失败，用perl自带的安装包管理程序(PPM) 继续安装完成即可 Unix上安装Circos 安装 Unix系统一般都安装有perl，perl版本不应低于5.8 下载Circos包，解压，根据circos包自带的README安装circos 如果运行失败，继续将为安装的perl模块安装完成即可 在circos/example下执行 perl /path/to/circos/bin/circos –conf etc\circos.conf 配置语法：变量名=变量值 配置块： 配置文件 ideogram thickness = 30p … / ideogram plots fill_color = white … plot fill_color = grey … /plot plot … /plot /plots /形成一个配置块，一些重要的配置块单独写在一个配置文件中，便于其他配置文件的导入。例如ideogram.conf只有ideogram一个配置块。 plots/plots可以具有多个实例plot/plot，如此有了全局变量和局部变量，左边fill_color = white对plots/plots中所有实例都有效，除非实例内部自己用局部变量进行定义，如左边的fill_color = grey。如果实例比较多，全局变量变得格外的事半功倍。 在circos/etc目录下有些现成的设置会经常用到，从不或很少改变，学会运用这些配置文件对学习circos有很大帮助，也省去了很多麻烦，如colors.conf、fonts.conf等。写配置文件的时候可以直接导入使用。 配置文件 colors.conf fonts.conf patterns.conf Housekeeping.conf 颜色配置文件，导入了colors.brewer.conf、 colors.hsv.conf和colors.ucsc.conf。在circos中，颜色除了绝对路径，还有很多表达方式，如hs1，red， reds-9-seq-1等，是因为这些字符在colors配置文件中已经赋予了特定的绝对路径。 字体配置文件，其中，代表字体的标签与circos/fonts文件夹下的otf或ttf文件一一对应。 模式配置文件，其中，标签与circos/tites文件夹下的png文件一一对应，然后根据patterns.svg.conf生成相应的svg文件。 基本框架配置，circos必不可少的配置文件，一般直接导入即可。 还有一些设置是也是经常用到，但会根据个人喜好或绘图要求不同而有细微差别，如ideogram.conf、 ticks.conf等。除此之外，也可以把经常用到的设置写成配置文件，便于其它配置文件反复导入，提高效率。 配置文件 ideogram.conf ticks.conf ima