利用基因组数据析水稻基因顺式作用元件.pdf

维普资讯 Journal of Biomathem atics 生 物 数 学 学 报 2006，21(11：81—88 利用基因组数据分析水稻基因顺式作用元件 张 扬 徐国华 徐 飞 樊龙江 (1浙江大学 IBM 生物计算实验室，浙江 杭州 310029；2浙江大学 作物科学研究所，浙江 杭州 3100291 摘 要： 为了研究籼粳亚种基因调控序列的总体特性，我们利用籼粳稻以及拟南芥基因组 和全长 mRNA序列获取 了大量高可信度 的调控序列，通过这些序列，分析 了水稻基 因调控序列 顺式作用元件 (信号)的数量、分布以及与GC含量的关系等．研究结果表明：一些信号在水稻 基因调控序列中发生显著的数量变化。同时一些信号数量在水稻与拟南芥基因问存在明显差异， 这说明这两种单双子叶植物间信号的使用上存在偏好，同时水稻不同类型基因以及特有与非特有 基因问在信号的使用上也存在差异．这些差异信号的分布直接导致了调控序列GC含量的波动． 本研究没有发现水稻籼粳两个亚种间在调控序列方面 (顺式调节因子和GC含量等)存在明显差异． 关键词：水稻；基因组；顺式作用元件；籼粳亚种；拟南芥；GC含量 中图分类号：Q78；$565 MR 分类号 92D20；92C40 文献标识码：A 文章编号：1001—9626(2006)01—0081—08 0 引 言 水稻、拟南芥等植物基因组测序的相继完成为许多植物相关研究，特别是功能基因组研究 提供了一个前所未有的机遇和条件．启动子是基因表达至关重要的部分，已有大量研究成果和 相应的序列数据．EPD(EukaryoticPromoterDatabase；http：／／epd．isb．sib．ch)是 目前主要的 一 个由实验获得的启动子序列数据库，目前 (Release74)共有植物启动子序列 198条，其中水 稻 7条，拟南芥 14条 It]．顺式作用元件 (cis．actingelement)是基因启动子的重要组成部分， 是真核生物基因启动时转录因子的结合位点 (bindingsite)，一般长度为 8—1lbp，所以往往又 将这些位点称为信号 (signa1)，目前也有其相应的数据库，如 PLACE、TRANSFAC等 2【1引． PLACE(Plantcis—actingregulatoryDNAelements；WWW．dna．affrc．go．jp／htdocs／PLAcE／)数据 库收录了大量来 自实验验证的信号序列，目前共收录 380条记录 (2003—630，Release13．0)．一 直以来，由于这些启动子序列数量非常有限，根本无法在大尺度上或基因组水平上分析特定物 种基因启动子区域的一些信号特征等．大量基因组序列的出现使这种分析成为可能．长期以来 我们已经对植物基因进行了大量研究，其相当数量的序列 (大多数为 mRNA序列)已被确定并 收稿 日期：2004—03—05 基金项目：国家自然科学基金项目资助 90208022) 作者简介：张扬 (1979一)，男，浙江杭州人，硕士研究生． 维普资讯 82 生 物 数 学 学 报 第 21卷 储存在公共数据库 (GenBanK／EMBL／DDBJ)中，如水稻 目前在 GenBank数据库中约有 1000 条左右全长mRNA序列．利用那些具有全长的基因序列，通过序列联配 (alignment)的方法就 可以将这些基因序列定位到其基因组上，由此可以确定外显子位置并截取该基因的上游启动子 序列．这些序列便可以用来分析特定物种基因启动子区域信号特征等．目前利用这一技术路线 已研究了人类基因的启动信号特征 [4