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利用基因组数据析水稻基因顺式作用元件
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Journal of
Biomathem atics
生 物 数 学 学 报 2006,21(11:81—88
利用基因组数据分析水稻基因顺式作用元件
张 扬 徐国华 徐 飞 樊龙江
(1浙江大学 IBM 生物计算实验室,浙江 杭州 310029;2浙江大学 作物科学研究所,浙江 杭州 3100291
摘 要: 为了研究籼粳亚种基因调控序列的总体特性,我们利用籼粳稻以及拟南芥基因组
和全长 mRNA序列获取 了大量高可信度 的调控序列,通过这些序列,分析 了水稻基 因调控序列
顺式作用元件 (信号)的数量、分布以及与GC含量的关系等.研究结果表明:一些信号在水稻
基因调控序列中发生显著的数量变化。同时一些信号数量在水稻与拟南芥基因问存在明显差异,
这说明这两种单双子叶植物间信号的使用上存在偏好,同时水稻不同类型基因以及特有与非特有
基因问在信号的使用上也存在差异.这些差异信号的分布直接导致了调控序列GC含量的波动.
本研究没有发现水稻籼粳两个亚种间在调控序列方面 (顺式调节因子和GC含量等)存在明显差异.
关键词:水稻;基因组;顺式作用元件;籼粳亚种;拟南芥;GC含量
中图分类号:Q78;$565 MR 分类号 92D20;92C40 文献标识码:A
文章编号:1001—9626(2006)01—0081—08
0 引 言
水稻、拟南芥等植物基因组测序的相继完成为许多植物相关研究,特别是功能基因组研究
提供了一个前所未有的机遇和条件.启动子是基因表达至关重要的部分,已有大量研究成果和
相应的序列数据.EPD(EukaryoticPromoterDatabase;http://epd.isb.sib.ch)是 目前主要的
一 个由实验获得的启动子序列数据库,目前 (Release74)共有植物启动子序列 198条,其中水
稻 7条,拟南芥 14条 It].顺式作用元件 (cis.actingelement)是基因启动子的重要组成部分,
是真核生物基因启动时转录因子的结合位点 (bindingsite),一般长度为 8—1lbp,所以往往又
将这些位点称为信号 (signa1),目前也有其相应的数据库,如 PLACE、TRANSFAC等 2【1引.
PLACE(Plantcis—actingregulatoryDNAelements;WWW.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLAcE/)数据
库收录了大量来 自实验验证的信号序列,目前共收录 380条记录 (2003—630,Release13.0).一
直以来,由于这些启动子序列数量非常有限,根本无法在大尺度上或基因组水平上分析特定物
种基因启动子区域的一些信号特征等.大量基因组序列的出现使这种分析成为可能.长期以来
我们已经对植物基因进行了大量研究,其相当数量的序列 (大多数为 mRNA序列)已被确定并
收稿 日期:2004—03—05
基金项目:国家自然科学基金项目资助 90208022)
作者简介:张扬 (1979一),男,浙江杭州人,硕士研究生.
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82 生 物 数 学 学 报 第 21卷
储存在公共数据库 (GenBanK/EMBL/DDBJ)中,如水稻 目前在 GenBank数据库中约有 1000
条左右全长mRNA序列.利用那些具有全长的基因序列,通过序列联配 (alignment)的方法就
可以将这些基因序列定位到其基因组上,由此可以确定外显子位置并截取该基因的上游启动子
序列.这些序列便可以用来分析特定物种基因启动子区域信号特征等.目前利用这一技术路线
已研究了人类基因的启动信号特征 [4
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