SARS分子病毒学.docVIP

第二章 SARS分子病毒学 ? ? 第一节 SARS冠状病毒的分类学地位及生物特征 ? 已经证明重症急性呼吸系统综合征（SARS）的病原体是SARS冠状病毒（SARS-CoV），该病毒在分类学上属于有壳病毒目(Nidovirales)、冠状病毒科(Coronaviridae)、冠状病毒属（Coronavirus）病毒。冠状病毒属既包括一些能引起人类疾病的病毒，也包括一些引起其他哺乳动物和禽类的病毒，这些病毒在致病性上有一定的动物种属特异性。最早分离出的冠状病毒是1937年从鸡中分离到的禽传染性支气管炎病毒冠状病毒。之后，1951年分离出鼠肝炎病毒；1965年Tyrrell和 Bynoe采用人胚鼻和气管培养法，从普通感冒患者鼻洗液中分离出一株病毒（B814）； 1966年Hamre等采用人二倍体细胞分离出人229E病毒；1967年，Mclntosh等用人胚气管培养呼吸道感染患者标本，分离到一批病毒，代表株为OC43。1968年June Almeida和Tyrrell等通过电镜形态学观察，发现这些病毒颗粒的外膜上存在日冕或皇冠状的突起，根据形态学上的这一特征建议命名为冠状病毒。1975年国际病毒命名委员会正式定名这类病毒为冠状病毒科(1)。 1、SARS-CoV在冠状病毒属中的分类学地位 根据血清学反应冠状病毒属的成员包括三个不同的抗原组，第1组和第2组主要为哺乳动物和人冠状病毒，第3组为禽类冠状病毒(2)。 第1组包括：犬冠状病毒（Canine coronavirus）、猫肠道冠状病毒(Feline Coronavirus)、人冠状病毒229E(Human coronavirus 229E)、猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic dearrhoea virus)和猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus)5个种； 第2组包括: 鼠肝炎病毒(Murine hepatitis virus)、牛冠状病毒(Bovine coronavirus)、人冠状病毒OC43(Human coronavirus OC43)、猪凝血性脑炎病毒（Porcine hemagglutinating enceohalomyelitis virus）、鸟嘴海雀病毒（Puffinosis virus）和大鼠冠状病毒（Rat coronavirus）6个种； 第3组包括: 禽传染性支气管炎病毒(Avian infectious bronchitis virus)和火鸡冠状病毒(Turdey bluecomb virus)2个种。 另外目前还有家禽传染性气管炎病毒（Avian infectious virus）、人肠道冠状病毒（Human enteric coronaviurs）、马冠状病毒（Equine coronaviurs）和等尚未归入冠状病毒属的上述3个组。 SARS-CoV作为一种新发现的冠状病毒，在缺乏系统的血清学分析的情况下，确定其具体的分类学地位主要依赖于对其基因组序列和编码蛋白的序列同源性分析与系统进化分析来确定。最早获得了SARS冠状病毒基因组全序列的加拿大、美国和中国北京三个研究组在发表各自基因组分析结果的同时，都基于各自测定的毒株的核酸序列或重要编码蛋白的氨基酸序列，对SARS冠状病毒进行了系统发生学分析（图2-1）。北京研究组基于Genebank 中已收录的17 种不同冠状病毒的RNA 聚合酶基因序列和氨基酸序列绘制的系统发生树(4)（图2-2），美国CDC 则利用已知全基因组序列的7种冠状病毒6个重要蛋白质的氨基酸序列绘制的系统发生树(5)（图2-2），加拿大的工作与美国CDC 基本类似(6)。上述分析均显示出SARS冠状病毒不能归于已知的冠状病毒3个组中的任何一组，但与第2组冠状病毒亲缘关系最接近。这一结果与序列同源比对的数据是一致的。当时他们认为SARS冠状病毒是一种新的冠状病毒，可以列为冠状病毒属中新的一组。 ? ? ? 图2-1 SARS冠状病毒的分类示意图 （引自http://www-micro.msb.le.ac.uk/3035/Coronaviruses.html ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 图2-2 冠状病毒基于部分基因序列的系统进化分析 ? ? 美国CDC进行的SARS冠状病毒序列同源性分析表明，SARS冠状病毒与已知各种冠状病毒的同源性都不高（见表1），与其他人类和动物冠状病毒比较时发现，核苷酸和对应的氨基酸序列的同源性分别在56～63％和57～74％。SARS冠状病毒与人类229E株的部分蛋白节段的氨基酸序列的一致性为60％，与人类冠状病毒OC43株部分蛋白氨基酸序列的一致性可达73％；与禽