李友国环境宏基因组.pptVIP

一、海洋微生物活性物质的发掘 海洋动植物的活性物质有80%是由其共附生的微生物产生的。如： 海兔毒素—巨大鞘丝藻 大环内酯类（如海鞘素、苔藓虫素等）—颤藻属、前沟藻 大田软海绵酸、石房蛤毒素、西加鱼毒—微藻 不饱和脂肪酸、河豚毒素等 研究重点为极端微生物和共附生微生物。共附生微生物主要集中在红树林、海绵和海洋沉积物的研究中。 主要技术包括：★ 分子标记技术、荧光原位杂交技术（FISH）及系统进化分析手段（如16S rRNA序列分析）开展微生物种质资源鉴定；★ 宏基因组技术（体系中所有微生物总基因的克隆与表达）开展活性代谢产物的研究。★ 解决微生物的不可培养性。 稳定性同位素探测技术是一系列技术的总称,包括稳定性同位素富集基质的选择、合适生物标志物的选择、环境样品的标记、被标记生物标志物的提取分离和纯化检测等。 General Principle Stable isotope probing (SIP) is a technique that is used to identify the microorganisms in environmental samples that use a particular growth substrate. The method relies on the incorporation of a substrate that is highly enriched in a stable isotope, such as 13C, and the identification of active microorganisms by the selective recovery and analysis of isotope-enriched cellular components (e.g. DNA, rRNA). 将原位或微宇宙(microcosm) 的环境样品暴露于稳定性同位素富集的基质中, 这些样品中存在的某些微生物能够以基质中的稳定性同位素为碳源或氮源进行物质代谢并满足其自身生长需要, 基质中的稳定性同位素被吸收同化进入微生物体内, 参与某些特定物质如核酸(DNA 和RNA) 及磷脂脂肪酸(PLFA) 等的合成, 通过提取、分离、纯化、分析这些微生物体内稳定性同位素标记的生物标志物, 从而将微生物的组成与其功能联系起来。 基本原理和技术路线 现有的SIP 实验中,多采用重稳定性同位素如13C作为标记元素。 一是由于轻、重同位素间较大的自然丰度差异,轻同位素的丰度远远大于重同位素的丰度; 二是由于其原子量较大,由其参与合成的生物标志物如核酸具有较大的浮力密度(buoyant density ,BD) 可以通过密度梯度离心从12C－核酸中分离出来进行后续分析。 事实上, 参与生物体内大分子如核酸、磷脂脂肪酸合成的其它稳定性同位素, 如15 N、17O、18O、2H均有作为SIP 实验标记元素的潜力。 尤其是15N ,可用来研究氮生物地球化学循环过程的各类微生物功能群及其相互作用！！！ 现有SIP 实验使用的 13C－基质主要有三大类: 13CO2 13C－甲基化合物 (13CH4 、13CH3OH、13CH3Br和13CH3Cl) 13C－多碳化合物 (13C－乙酸、13C－葡萄糖、13C－咖啡因、13C－萘、13C－菲、13C－甲苯、13C－苯酚、13C－丙酸盐) 13CO2多用于植物－微生物相互作用对陆地生态系统碳循环、土壤中碳周转速率、稻田产甲烷机理及产甲烷菌的研究; 13C－甲基化合物多用于甲基营养菌(甲烷营养菌、甲醇营养菌、卤化甲烷营养菌) 的研究 13C－多碳化合物多用于多氯联苯(PCBs) 、多环芳烃(PAHs) 等有机污染物的生物降解过程和机理的研究 13C－基质的选择，可根据研究目的而定 SIP常采用的生物标志物有三大类: PLFA、DNA 和RNA 既可以指示特定的稳定性同位素基质在生物体内的存在, 又包含大量微生物分类遗传学信息 DNA 和rRNA 含有更丰富的信息, 通过对DNA 和rRNA 的同源遗传性分析, 可提供大量的有关微生物遗传多样性和分子生态学方面的信息 It have been successfully used to study the functionally active populations of methane-oxidizing bacteria (methanotrophs) in peat soil and acidic fo