蛭类转录组中EST-SSR分析及抗凝血相关分子标记的挖掘.PDF

• 172 • 中草药 Chinese Traditional and Herbal Drugs 第 48 卷 第 1 期 2017 年 1 月 蛭类转录组中 EST-SSR 分析及抗凝血相关分子标记的挖掘 1 2 1 3 1 1 1* 王 斌 ，孙 静 ，刘凌云 ，乔永锋 ，程 霞 ，仝向荣 ，王德斌 1. 昆明学院 云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室，云南 昆明 650224 2. 北京协和医学院 中国医学科学院医学生物学研究所，云南 昆明 650118 3. 昆明学院 化学科学与技术系，云南 昆明 650224 摘 要：目的 对蛭类转录组进行 SSR 分析，是开发功能分子标记、开展对药用蛭类资源的开发利用及进行遗传背景监测 的必要手段。方法 利用与医学密切相关的医蛭科棒纹牛蛭 Poecilobdella javanica 和日本医蛭 Hirudo nipponia 、黄蛭科宽体 金线蛭 Whitmaniapigra 和山蛭科洞穴山蛭 Heamadipsa cavatuses sp.nov. 共 14 个样本，通过 RNA 测序及转录组分析，筛选 吸血差异 unigene ，并比较4 个种的 SSR 标记特征和分布，用于挖掘抗凝血相关功能 EST-SSR 。结果 通过 SSR 密度分析发 现，SSR 在棒纹牛蛭、日本医蛭、宽体金线蛭和洞穴山蛭转录组中的间隔长度为 4 723 、6 026、8 059、8 144 bp；SSR 组成 分析发现三碱基重复的基序占蛭类 SSR 类型组成中绝大多数；另外，洞穴山蛭的 SSR 组成与其他 3 种存在明显区别。比较 4 种吸血蛭吸血前后转录组中表达丰度显著差异的 unigene 群，发现 4 种蛭中包含 SSR 且抗凝血相关的重叠 unigene 类群在 转录组中呈较高的片段多态性。结论 unigene 片段长度、SSR 的密度、组成和分布特点能反映物种之间的分类关系；4 种 蛭重叠的抗凝血相关分子功能对应的 EST-SSR ，可作为抗凝血相关的功能分子标记侯选EST-SSR 。 关键词：EST-SSR ；抗凝血相关基因；EST-SSR 分布；功能分子标记；药用蛭类 中图分类号：R282.12 文献标志码：A 文章编号：0253 - 2670(2017)01 - 0172 - 07 DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2017.01.024 Analysis on EST-SSR in transcriptome of medicinal leeches and mining of anticoagulant related functional molecular markers 1 2 1 3 1 1 1 WANG Bin , SUN Jing , LIU Ling-yun , QIAO Yong-feng , CHENG Xia , TONG Xiang-rong , WANG De-bin 1. Key Laboratory of Special Biological Resource Development and Utilization of Universities of Yunnan Province, Kunming University, Kunming 650224, China 2. Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Kunming 650118, China 3. Department of Chemical Science and Technology, Kunming University, Kunming 650224, China Abstract: Objective To expand