分子进化常用方法课件.pdf

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分子进化常用方法课件

物 生m 做o c 心 . 分子进化常用方法 分子进化常用方法 专 o o - i b b华大基因:郑洪坤 秀 . 华大基因:郑洪坤 zhenghk@ 物 w zhenghk@ 生 w w 大纲 大纲 l 理论背景 l 理论背景 l 常用软件 分子进化简介 物 分子进化简介 系统进化树构建软件列表: n 神秘的进化 n 神秘的进化 n Phylip n 物种基因组数据 生 n 物种基因组数据 n Clustalw m n 比较基因组学发展 n 比较基因组学发展 做o n PAML-Codml c n 其他 心 . 常用系统进化树构建方法 常用系统进化树构建方法 o选择压力ka/ks计算软件列表: n NJ 邻接法 n NJ 邻接法 专o n PAML-yn00 - i n MP 最大简约法 n MP 最大简约法 b n Kaks_calculator n ML 最大似然法 n ML 最大似然法秀b n K-estimator . 物 w n 其他 选择压力Ka/ Ks 选择压力Ka/ Ks n Ka,Ks的概念 w snp搜索软件列表: n Ka,Ks的概念 生 n polyphred n Ka,Ks的作用和意义 n w Ka,Ks的作用和意义

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