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2017-09-18 发布于浙江
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mothur使用介绍(OTU的确定)

Mothur使用介绍（1） ——OTU的确定杨海水（浙江大学） QQ：544834661 E-mail: yanghaishui@ 2010-11-17 浙江大学生命科学学院农业生态与工程研究所 1 第一步：进入主页面，点“Manual” 2010-11-17 浙江大学生命科学学院农业生态与工程研究所 2 第二步：OTU-based approach 2010-11-17 浙江大学生命科学学院农业生态与工程研究所 3 对于初学者，必须对照 Manual一步步进行操作，因为mothur所运行的Dos系统对大多数生物学科研工作者都很陌生，需慢慢掌握 2010-11-17 浙江大学生命科学学院农业生态与工程研究所 4 如何在dos环境下运行mothur? • (1) 文件准备：将目标序列保存为fasta格式； • (2) 将mothur.exe与x.fasta放在同一文件目录下： 2010-11-17 浙江大学生命科学学院农业生态与工程研究所 5 (3) 打开mothur: 2010-11-17 浙江大学生命科学学院农业生态与工程研究所 6 (4) 调用dist.seqs指令，产生距离矩阵； calc以不同方式处理 gap:onegap指把所有把对偶排列中出现的所有连续缺失的碱基当做一个 gap;nogap按实际缺失的碱基数对待；默认为onegap; countends: 用以处理末端 gap的罚分，=F,指对末端 gap不罚分；=T指对末端