PAUP使用说明.pdfVIP

PAUP （摘自生物信息学-基因和蛋白质分析的使用指南第九章，包括PHYLIP、PAUP、 FastDNAml, MACCLADE, MEGA plus METREE, MOLPHY 和PAML。） 开发PAUP （Swofford, 1997 ）的目的是为系统发育分析提供一个简单的， 带有菜单界面的，与平台无关的，拥有多种功能（包括进化树图）的程序。在苹 果机（Macintosh ）上使用过PAUP 程序（版本3）的人对这个程序的菜单界面都 会很熟悉，虽然这个版本已经不再发行了。PAUP 3.0 只建立于MP 相关的进化树 及其分析功能；而PAUP 4.0 已经可以针对核苷酸数据进行与距离方法和ML 方 法相关的分析功能，以及其它一些特色。 获取和编译程序 在商业版本发行之前，现行的出版物中，有成打的分析使用了PAUP 4.0 测 试版本（由原作者通过 blue@ 提供）。菜单界面的测试版本已经在 Macintosh 68K 、PRC 计算机和微软的视窗操作系统上编译通过。命令行版本 已经在Sun Sparc、Supersparc、DEC Alpha （OSF1 和OPENVMS ）、SGI （32 位 和64 位）以及linux 上编译通过。 初学的用户应该将其中一个菜单版本浏览一遍。在这些版本中也可以使用命 令行，这样会使得命令教程会变得容易一些。通常而言，命令都有缩写。比如， 要执行启发式进化树搜索的命令可以键入“hs[earch]”（大小写不敏感；括弧 内的字符为选项）。而且，因为文件在各个平台之间都是可移植的，菜单版本可 以用来测试数据文件。如果希望在一个很快的Unix 机器上跑一个分析程序，这 个协议就显得非常重要。如果文件格式出错，菜单版本不仅仅报告文件格式的错 误，而且还会打开文件，将错误的地方高亮度显示。 数据格式 PAUP 使用一种称为NEXUS 的数据格式，这种格式还可以被MACCLADE 程 序使用，当然PAUP 也可以输入PHYLIP, GCG-MSF, NBRF-PIR, HENNIG86 数据格 式以及文本比对（形如“{ name } tab or space { same-length sequences } ret”的列表，以“;ret end”结束）。Sequencher （基因密码有限公司） 和Sequin 程序可以输出NEXUS 格式。其它格式的比对序列（CLUSTAL, FASTA, GDE 等等）可以通过ReadSeq 程序将其转化为NEXUS 格式。如果使用ReadSeq 程序，必须为每个单独的序列（分类单元）设计一个不超过八个字符的名字，因 为程序会自动截取过长的名字。PAUP 中的名字可以无限长，但是每一个名字必 须唯一。比对块（比方说，就像MSF 文件）可以由空格分开，作为更好的跟踪 序列的位置。比对可以是连续的，也可以是较差存取的。PAUP 文件中可以在方 括号中写明注解和注释（比方说，比对中基本位置的标记）。PAUP 可以识别IUPAC 核苷酸的模糊密码，但是这些密码在进行距离和ML 分析时被看作是丢失的数据。 PAUP 文件中的数据块可以包含附加的最优化信息，比如特征符和序列标签， 丢失数据的定义以及特征符集和特征符权重集的定义；其语法同PAUP 3.0 相同， 并且可以通过帮助文档进行交互式查询。一个PAUP 文件还可以包含假定和进化 树块。这些块的格式同MACCLADE 程序所使用的格式基本相同，只有若干差异 （Maddison and Maddison, 1992 ）；举个例子，MACCLADE 不能识别空位模式， 而空位模式在MP 分析中将会把空位看作是附加的特征符状态 （FORMATspaceGAP= { character } space GAPMODE=newstatespace { other format options }; ）。同样地，PAUP 会忽略一些MACCLADE 数据选项。 在某些情况下，很难对数据进行手工格式化，这时就可以用菜单界面或者交 互式的MACCLADE 程序输出正确的格式文件。举个例子，可以通过PAUP 菜单界 面创建“假定集”。假定中可以包含一个外围集团的说明规范、特定分类群的排 除以及特征符，如果是MP 分析，还可以包含特征符权重和特征符类型的说明规 范。假定还可以存储为一个合适的格式文件；打开一个数据文件的时候，就可以 加载这个文件，或者，可以把注释粘贴到一个早先创建的文件中，以避免在并发 的通话中需要将其加载。 PAUP 也可以读取P