转录组学分析流程及常用软件介绍.pdf

转录组分析流程及常用软件使用方法 （无参，有参） Novogene 孙福明 2015.1.12 无参转录组分析流程 有参分析流程 OUTLINE 拼 接（无参） 比对定量（RESM无参） 比对软件（Tophat2有参） ） 定量（HTSeq有参） 常用数据库介绍（NCBI，ENSEMBL） OUTLINE 拼 接——Trinity （无参） 比对定量（RESM无参） 比对软件（Tophat2有参） ） 定量（HTSeq有参） 常用数据库介绍（NCBI，ENSEMBL） step1:Inchworm 1.分解测序reads ，构建k-mer字典 2.从k-mer字典中移除error-containing k-mer 3.选择seed k-mer 4.Seed k-mer 延伸,构成contig 5. 重复seed selection 和 bidirectional k-mer extension 直到k-mer 字 典耗尽 6. 过滤 contig step2:Chrysalis 1.将contigs 组合成connected components 2. 将每个component构成一个de Bruijn graph 3.reads 回比 4.过滤 step3:Butterfly Butterfly resolves alternatively spliced and paralogous transcripts 1. 图形化简 2.解图，确定转录本序列 Butterfly • 2016-1-11 Butterfly 2016-1-11 Trinity Trinity参数 • --jaccard_clip –  for gene-dense compact genome, such as fungal genomes, where transcripts may often overlap in UTR regions. • --SS_lib_type (Strand-specific library type) –  Paired reads: •  RF: first read(/1) of fragment pair is sequenced as antisense(reverse(R)), and second read(/2) is in the sense strand(forward(F)); typical of sequencing method. •  FR : (reverse) –  Unpaired (single) reads: •  F: the single read is in the sense (forward) orientation •  R: the single read is in the antisense (reverse) orientation Trinity参数 • --min_contig_length defaul