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中国水产科学 2017 年7 月, 24(4) : 657-668 Journal of Fishery Sciences of China 研究论文 DOI : 10.3724/SP.J.1118.2017.16292 11 种鲈形目鱼类的核糖体基因GC 含量及其与硬骨鱼类的特征比较 1, 2 1, 2 1 1, 2 1, 2 1 司李真 , 武宝生 , 孔晓瑜 , 杨敏 , 龚理 , 时伟 1. 中国科学院 热带海洋生物资源与生态重点实验室, 广东 广州 510301; 2. 中国科学院大学, 北京 100049 摘要: 核糖体基因为串联重复多拷贝的基因, 包括 3 个编码基因(18S, 5.8S, 28S)和两个间隔区 ITS1(internal tran- scribed spacer 1)和ITS2(internal transcribed spacer 2) 。目前, 对核糖体基因的相关报道主要集中在个体内不同拷贝 间的多态特征, 以及其作为分子标记在系统演化关系中的应用, GC 含量作为一项非常重要的核苷酸序列指标, 而 鲜有报道。为了探讨鱼类的核糖体基因 GC 含量特征以及间隔区是否也存在 GC 平衡现象, 本研究选择了鲈形目 (Perciformes) 5 科 11 种鱼类5 个片段的核糖体基因进行研究, 包括尖吻鲈科(Latidae) 、射水鱼科(Toxotidae) 、军曹 鱼科(Rachycentridae) 、剑鱼科(Xiphiidae) 、鲹科(Carangidae) 。获得了1651 个单克隆序列, 通过分析并比较已有的 其他硬骨鱼序列片段的GC 含量变化特征, 结果发现: 本研究鱼类的18S 的GC 含量为52.6%~57.1% (平均54.6%), 5.8S 为55.6%~58.9% (平均 57.4%), 28S 为64.2%~65.8% (平均 64.6%), ITS1 为56.5%~73.0% (平均 65.0%), ITS2 为62.3%~77.5% (平均 69.1%) 。编码区的GC 含量相对较保守, 变异范围较小, 18S 和5.8S 变化范围明显小于间隔 区, 28S 则位于间隔区的最低值和最高值之间。因此, 我们发现硬骨鱼核糖体ITS 高于60% 的GC 含量是该类群的 一个特征, 并且高 GC 含量的 ITS1 和 ITS2 序列中不存在明显的高 GC 富集区, 其含量高低的变化与序列长度也 没有相关性。本研究 11 种鱼类的 ITS1 和ITS2 的GC 含量在种内的相似性既有大于也有小于种间相同片段的相 似性, 因此GC 平衡现象只存在部分种类中。本研究结果可为鱼类核糖体基因序列特征的进一步研究及利用提供 科学依据。 关键词: 编码基因; 间隔区; 18S; 5.8S; ITS1; ITS2 中图分类号: S963 文献标志码: A 文章编号: 1005-8737-(2017)04-0657-12 核糖体基因在生物中有几十个甚至上万个串 大于同质化速率时, 基因组内核糖体序列的不同 联重复单元, 每个单元包括编码区与非编码区, 拷贝之间则会出现不完全相同的现象, 从而导致 编码区包括 18S、5.8S 和28S 3 个基因, 非编码区 其序列存在着极其丰富的多态性[2–7] 。因而, 要全 则由位于 18S 与5.8S 之间的ITS1 及 5.8S 与28S 面了解核糖体基因的特征, 就必须扩增多个单克 之间的 ITS2 两个内转录间隔区组成。一般来说, 隆子序列。目前, 对核糖体基因的相关报道主要 编码基因序列比较保守, 而间隔区序列变异相对 集中在个体内不同拷贝间的多态特征[8– 15], 以及其 较大[1