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数据分析报告 2016 年3 月9 日 21:02 项目名称：Sus scrofa 蛋白组学无标试验 客户名称： 完成时间： 项目编号： 实验结果 一共3 个猪的脑脊液样品677 ，635 ，658 ，分别为：677 是 空白组；635 是脑膜炎链球菌感染；658 是关节炎链球菌感 染。3 例（猪的脑脊液）样本，每例样本跑了3 个 fraction ，每例样本3 次实验学重复（共计27 个 raw 文 件）。利用无标LC-MS/MS 技术结合Maxquant 软件共鉴定 到3456 个UNIPROT 蛋白。 原始数据提交 原始数据如有需求，可以提交到iProX （数据提交的中国站 点），PRIDE 或MassiVE 上，供研究人员下载。 / /submission 数据分析 2016 年3 月9 日 21:03 外源数据库获取  蛋白信息获取 所有蛋白通过ID 号到Uniprot （ ）数 据库中批量获取对应的注释文件(*.dat)和fasta 文件。用自 编的PERL 程序Uniprot_xRef_Function.pl 将dat 文件中的 Uniprot 交叉号注释、蛋白名称、功能注释、GO 等信息解析 成表。 详细数据表  所有样本的鉴定结果保存在Result.xlsx 的“iBAQ”表 中。  Result.xlsx Log10 log 的“ ”表是取 后的结果；而 Median 是用中值归一化的结果。  Result.xlsx 的“VolcanoPlot”表是差异分析的结果。 Sig 1 -1 0 列中 表示上调， 表示下调， 表示不变。 差异蛋白 根据实验设计，对所有鉴定定量结果进行统一分析，如果 p-value0.05 以及Fold Change 比值在2 倍以上的作为候选 的差异蛋白。 差异蛋白的分析结果见/Diff/目录下的火山图及其表格。 全局分析 2016 年3 月9 日 21:03 全局分析的结果见/Global/目录下的结果。 表达量分布范围图 箱型图 箱形图（Box-plot ）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一 种表现有关数据的位置和分散情况资料的统计图。 箱形图主要包含六个数据节点，将一组数据从大到小排列， 分别计算出他的上边缘，上四分位数（Q1），中位数 （Median ），下四分位数（Q3），下边缘，还有一个异常 值。它可以粗略地表达出数据是否具有有对称性，分布的 分散程度等信息，通常用于对几个样本的比较。 箱形图中异常值被定义为小于Q1 －1.5IQR 或大于 Q3+1.5IQR(四分位间距)的值。通过比较箱形图的异常值， 可以发现数据点在同类其他群体中的位置。样本数据的中 位值在该坐标系中越接近 1，反应数据越集中；上下四分位 值离中位值越远，表明数据离散趋势越强。 聚类热图 聚类热图（heatmap ）是通过排列矩阵的行列，将相似的数 值放在相邻的放以展示聚类分析结果的图像；它可以直观 呈现多样本多个基因的全局表达量变化，呈现多样本或多 基因表达量的聚类关系。通过聚类分析，可以对数据进行 分类并反应其相似程度。聚类热图中的一行代表一个蛋白， 一列代表一个样本比较组。其中，不同颜色为样本的不同 表达量值，由绿-黑-红表达量依次增加。样本间的欧式距离 长短反应其关联性，距离较近说明两组数据性质较近，距 离较远说明关联较远。 功能分析 2016 年3 月9 日 21:03 所有鉴定蛋白的GO 分析 随着新一代测序技术的不断发展，越来越多物种的基因组 和转录组获得了高通量测序，给人们带来了海量的核酸序 列数据，如何对海量序列中隐含的生物信息进行高通量的 解读是研究者要面对的问题．序列信息解读的一个核心内 容是对基因进行功能注释，具体操作上就涉及到一个概念： 基因的本体论（Gene Ontology, GO ）注释．大多数基因在 不同生物中的同 源基因拥有相同的主要生物学功能，因此， 在某些物种 里已知的基因功能信息可以用来解释其他物种 对应的同源基因．但是这些已知的功能信息包含在先前积 累的浩瀚文献之中，不同的文献会用不同的词