TRVI-2常规分子动力学模拟研究蛋白与配体相互作用.pdfVIP

分子动力学模拟研究蛋白-配体相互作用 王进安 wangjinanzhl@ 主要内容 1. 常规分子动力学研究蛋白与配体相互作用 2. 基于哈密顿的副本互换在蛋白-配体相互作用中的应用 3. SMD与伞取样研究AmtB转运配体的分子机理 常规分子动力学研究蛋白与配体相互作用 • 蛋白酶结构：二聚体，flap 、flap elbow 、fulcrum 、cantilever 、interface和active site。 • 两种多突变：Flap+( L10I/G48V/I54V/V82A) 、Act (V82T/I84V) • 两种二代上市药：APV 和DRV 。DRV比APV仅多出一个四氢呋喃环，其与野生及两种 多突变类型的结合能均明显低于APV 3 1) 理论计算与实验获得的结合能一致 表1 APV/DRV与野生型及两种多突变类型HIV-1蛋白酶结合能 WT