基于基因组数据库的杂草稻叶绿体分子标记开发-南京农业大学学报.PDFVIP

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2017-10-02 发布于天津
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基于基因组数据库的杂草稻叶绿体分子标记开发-南京农业大学学报.PDF

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基于基因组数据库的杂草稻叶绿体分子标记开发-南京农业大学学报

－　南京农业大学学报　２０１５ꎬ３８(２):２４０２４７ｈｔｔｐ:/ / ｎａｕｘｂ.ｎｊａｕ.ｅｄｕ.ｃｎ－　ＪｏｕｒｎａｌｏｆＮａｎｊｉｎｇＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｄｏｉ:１０.７６８５/ ｊ.ｉｓｓｎ.１０００２０３０.２０１５.０２.０１０－朱国忠ꎬ戴伟民ꎬ陈晓锋ꎬ等. 基于基因组数据库的杂草稻叶绿体分子标记开发[Ｊ]. 南京农业大学学报ꎬ２０１５ꎬ３８(２):２４０２４７基于基因组数据库的杂草稻叶绿体分子标记开发朱国忠ꎬ戴伟民ꎬ陈晓锋ꎬ张晶旭ꎬ强胜∗ (南京农业大学杂草研究室/ 江苏省杂草防治技术工程技术研究中心ꎬ江苏南京２１００９５) 摘要:[目的]杂草稻的起源与演化是一个未澄清的热点问题ꎬ分子标记技术是最重要的研究手段之一ꎮ 由于已经应用的分子标记数量有限ꎬ与栽培水稻缺乏特异性ꎬ因此探索新的分子标记仍然十分必要ꎮ [方法]使用网络基因组数据库中１３份栽培水稻和野生稻叶绿体全基因组序列进行比对和分析ꎬ针对其中的高频变异区域设计标记引物ꎬ进而对６０份杂草稻样品的标记区域测序并进行多态性验证ꎮ [结果]１３份样品叶绿体全基因组中存在１０２０个单核苷酸多态性(ＳＮＰ)位点ꎬ１１１个插入/ 缺失(ＩｎＤｅｌ)位点ꎬ表现出丰富的遗传变异ꎻ选定其中３个高频变异区域ꎬ分别针对ｔｒｎＧ￣ｔｒｎｆＭ基因间区、ｐｓｂＭ￣ｔｒｎＣ基因间区和ｔｒｎＴ￣ｔｒｎＬ基因间区设计了３对引物ꎬ对６０份杂草稻材料进行了检测ꎬ发现３个片段总长１９６６ｂｐꎬ共存在７个ＳＮＰ位点ꎬ６个ＩｎＤｅｌ位点ꎬ总变异序列长度为３４ｂｐꎬ占序列总长的１.７３％ꎮ 系统发育树结果显示ꎬ６０份杂草稻被划分为４个类群ꎮ 另外ꎬ将网络数据库中的１３份栽培水稻和野生稻数据进行分析ꎬ发现不同栽培稻和野生稻的籼粳类型分别被聚到杂草稻的相应类群中ꎮ [结论]所开发的３对叶绿体分子标记可以对上述杂草稻进行良好的分类ꎬ因此可以作为研究杂草稻遗传多样性及演化的分子标记ꎮ 关键词:杂草稻ꎻ基因组数据库ꎻ叶绿体基因ꎻ分子标记－－－中图分类号:Ｑ９４３.２ꎻＳ４５１.１　　　　文献标志码:Ａ　　　　文章编号:１０００２０３０(２０１５)０２０２４００８ＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓｉｎｗｅｅｄｙｒｉｃｅｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｂａｓｅｄｏｎｇｅｎｏｍｉｃｄａｔａｂａｓｅＺＨＵＧｕｏｚｈｏｎｇꎬＤＡＩＷｅｉｍｉｎꎬＣＨＥＮＸｉａｏｆｅｎｇꎬＺＨＡＮＧＪｉｎｇｘｕꎬＱＩＡＮＧＳｈｅｎｇ∗ (ＷｅｅｄＲｅｓｅａｒｃｈＬａｂｏｒａｔｏｒｙ/ ＷｅｅｄＣｏｎｔｒｏｌＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇꎬＪｉａｎｇｓｕＰｒｏｖｉｎｃｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙＣｅｎｔｅｒꎬ ＮａｎｊｉｎｇＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＮａｎｊｉｎｇ２１００