应用GenetiSure预筛选试剂盒进行单细胞拷贝数筛选-Agilent.PDF

应用 GenetiSure 预筛选试剂盒 进行单细胞拷贝数筛选 发现胚胎中的非整倍体 应用简报 作者 摘要 Paula Costa 单细胞的基因组分析在胚胎植入前遗传学研究中非常有用。为了克服传统技术（如 FISH、 、及 阵列）的分辨率限制，安捷伦寡核苷酸阵列 平台具有的全 Natalia Novoradovskaya PCR BAC CGH Scott Basehore 基因组拷贝数分析功能现已扩展应用于单细胞样品。新型 GenetiSure 预筛选工作流程 Stephanie Fulmer-Smentek 结合了采用多重置换扩增方法进行的全基因组扩增以及专门为单细胞筛选而设计的寡核 苷酸微阵列。采用由已知畸变细胞培养物中分离的细胞与胚胎活检细胞，利用 Agilent 安捷伦科技有限公司 CytoGenomics 3.0 版软件中提供的算法进行单细胞分析。能够在细胞培养物数据中对 Santa Clara, CA USA 预期染色体拷贝数的变化进行准确评估，这些拷贝数变化可以通过未扩增基因组 DNA 的结果进行确证。此工作流程经过优化且颇具成本效益，有利于研究人员获取可靠的 高分辨率数据，在八小时内即可完成从样品前处理到分析的整个过程。 前言 样品前处理 20min 胚胎植入前遗传学研究是一个快速发展的领域，不断的技术 革新帮助研究人员在数量有限的胚胎细胞中对非整倍体进行 全基因组扩增 125min 研究。常规的单细胞分析方法，包括荧光原位杂交 (FISH) 及 聚合酶链反应 1,2 (PCR) 等并不具备全基因组的扩展性 。为了 打破这种限制，基于阵列的高通量比较基因组杂交 (CGH) 技 标记 78min 术应运而生，且在评估样品相对于二倍体参照物的全基因组 拷贝数 (CN) 方面扮演着越来越重要的角色。由于单细胞中 DNA 的含量极少，CGH 阵列平台需要对样品进行全基因组 纯化 36min 扩增 (WGA) 以获取足量 DNA 用于分析。应用细菌人工染色 体 (BAC) 阵列进行单细胞分析时只能获得低分辨率的数据， 这是由于其中仅有几千个探针用于数据采集3 。而最近，安捷 杂交前准备 35min 伦的高分辨高灵敏度寡核苷酸阵列 CGH 技术已成功地应用于 单细胞分析4,5 。 杂交 2-6hr 本应用简报描述了我们的 CGH 平台的一种扩展应用，包括一 种可用于胚胎植入前筛选的新型单细胞分析方法。GenetiSure 预筛选试剂盒包含基于多重置换的 WGA 及标记试剂、杂交 清洗、扫描、分析 46min 垫片及微阵列芯片（8x60K 和 4x180K 两种格式），均为单 细胞分析专门设计。为满足对经济实惠的解决方案的需求， 总时间 小时 分钟至 小时 分钟 我们将两个未知的差异标记测试样品在七块 8x60K 阵列及