棉花茎端发育长链非编码RNA的鉴定及功能预测.pdfVIP

棉花学报 CoRonScience2016，28(5)：470—477 棉花茎端发育长链非编码RNA的鉴定及功能预测 王芙蓉1上，乔清华n，陈鹏云2，袁哲诚1一，陈煜2，樊守金卜，张军1p (1．山东省逆境植物重点实验室／山东师范大学生命科学学院，山东济南250014；2．山东棉花研究中心／ 农业部黄淮海棉花遗传改良与栽培生理重点-y．验室，山东济南250100) 白质编码功能．但在生物体中以RNA分子的形式参与众多生物过程。利用实验室前期获得的陆地棉茎尖转录 基互补配对等生物信息学方法对其中2227条IncRNA进行功能注释，其中1875条位乎编码基因上下游，可 能通过与编码基因的顺式作用元件或3’UTR区结合，在转录或者转录后水平调控基因表达；317条反义lncR- 调节、代谢、激素应答和信号转导等生物过程。本研究为充分利用高通量测序数据研究棉花IncRNA提供了新 思路。 关键词：棉花；茎尖转录组；长链非编码RNA；鉴定；功能预测 中图分类号：$562．03文献标志码：A 文章编号：1002—7807(2016)05．0470．08DOI：10．11963／issn．1002—7807．201605006 inShoot of RNAsandTheirPredictedFunctionsApexDevelopment LongNon—Coding hirsutum Cotton(GossypiumL．) Yu2，Fan Junl2+ Pengyun2，YuanZhechen912，ChenShoujinl+，Zhang WangFuron91’2，QiaoQinghual。，Chen ofHantStress ofLife Normal Provincial Sciences,ShandongUniversity,Ji- (1．ShandongKeyLaboratory Research／College in ofA- ofCo蚰on andCultivation n彻，Shandong250014，China；2．KeyLaboratoryBreeding Huang-Huai-HaiPlain，Ministry Research griculture／Cotton aclass than200nucleotideswithno Abstract：Longnon．codingRNAs(1ncRNAs)areoftranscriptslonger protein‘codingpoten- from data that invarious this identified8044lncRNAsshoot tial areinvolved biologicalprocesses．Instudy，we apicalRNA-seq calculator 1 IncRNAswere totheAt— inour them，369 mapped