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NTSYS 使用说明 2007-12-16 10:52 标签:桌面 样本 yspc ntsy 分析 分类:流水账 /200712/354/LZkriVFb.exe /200712/354/LckriVFb.id 如何用 Ntsyspc2.1 计算遗传距离(Genetic Distance)? 可以用 NTsys-pc2.1 来鉴定亲缘关系的远近 1.假设你的数据文件名为 A(Excel 文件)，存放于 C:/桌面 2.打开 Ntsyspc2.1，click File, click Edit file,打开文件 A 3.Edit 完毕之后，click Save file as,将文件存放于桌面，命名为 A-1(NTS 文件) 4.click Ntsyspc2.1 面板上的Similarity,click Genetic distance 5.双击 Input data file 右边的空白，打开 A-1 文件 6.双击 Output file 右边的空白,将文件存放于桌面,命名为 A-2 (NTS 文件) 7.click Ntsyspc2.1 面板上的Compute按钮 8.OK，你的遗传距离就存放在文件 A-2 里了 NTSYS-PC 使用说明 NTSYS 是一个聚类分析的软件，可以用来分析 RFLP，RAPD 等电泳带型，也可用于微生物群落多样性的相 似性分析。下面简单介绍一下其用法： 1.先建立一个 0，1 构成的矩阵：在 excel 中，按如下规则输入数据，A1=1 表示有带记为 1，B1=9 表示 RFLP 有 9 个带型， C1=35 表示样本数，D1=0 表示无带记为 0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始 的A 列表示带型名称。见下图： 2. 打开 NTSYS-PC 程序，点击 similarity 出现如下界面： 再点击 Qualitative data，出现如下界面： 点击 input file，打开刚才生成的 excel 矩阵文件，点击 out file 起一个文件名（假设叫 111），然后点击 compute 按钮。文件 111 是一个相似度表。 3. 继续点击 clustering，出现如下界面： 再点 SHAN，出现如下界面： 点击 input file，打开文件刚才保存的文件 111，点击 out file 起一个文件名（假设叫 222），把 In case of ties 改为 Find，然后点击 compute 按钮。计算完成！ 4. 然后点 Graphics, 再点 tree plot，出现下面的界面： 点击 input file，打开文件 222，然后点击 compute 按钮，就会出现聚类图。 OK 了！ Ntsys-pc 软件进行聚类分析 1 数据的录入方法： 1.1 利用 Ntedit 直接录入数据 0、1 二元数据中的数据缺失记为 2。其中列标可以写为样品编号，在 No.rows 栏中写入 0、1 数据总数， No.cols 栏中写入样品总数。文件另存为*.nts 格式。 1.2 从 excel 表中直接读入数据 Excel 表中输入数据格式如下图。A1 必须为 1，B1 为 0、1 数据总数，C1 为样品总数。 打开 Ntedit 程序，选择从 Excel 表输入，结果见上图。文件另存为*.Nts 格式 1.3 Ntsys-pc 可以直接运行*.phy 格式的文件（由 phylip 和 phytool 产生） 1.4 DNA 序列数据 Ntsys-PC 也可以分析，但好像用的人较少。建议大家使用 phylip 或者其他的软件。DNA 序列数据在 Excel 中输入格式如下： 1.5 其他数据的 Excel 输入如下 2 聚类分析 Ntsys-pc2.02 界面如下 以下以图中数据为例介绍聚类过程： 2.1 首先用 similarity 程序组中的 SimQual 计算形似系数矩阵。Coefficient 通常选用 SM 或 DICE，结 果输出到另一文件。 2.2 以上步的结果作为 input file 利用 Clustering 程序组中的 SHAN 或者 Njoin 进行计算，聚类分法选用 UPGMA，ties 选用 FIND，Maximum no. tied trees 至少大于样品数。 Njoin 程序组界面如下，rooting method 可以选用 Outgroup，但需输入外元。 2.3 将 SHAN 或 NJoin 方法得到的 tree file 文件输入到 Graphics 程序组中的 tree plot 程序中计算 得到树图如下 利