极端嗜热蛋白结构与功能的分子动力学模拟研究.pdf

中文摘要 极端嗜热蛋白结构与功能的分子动力学模拟研究 嗜热蛋白由于其高温下的稳定性及其它特殊的功能一直是计算生物学和蛋 白质工程领域中的一个研究热点。本文借助分子动力学模拟方法对极端嗜热蛋白 Sso7d，Cren7，和Sto-RNase HI 的结构与功能进行了深入的理论研究。论文内容 主要包括以下三个部分： 1. 嗜热蛋白Sso7d 对DNA 热稳定性和构象变化影响的分子动力学模拟研究 嗜热蛋白Sso7d 是硫磺矿硫化叶菌（Sulfolobus solfataricus ）内的一种DNA 结合蛋白。研究表明，在古菌所需的较高生长温度下，Sso7d 有助于稳定 DNA 的双螺旋结构并促使DNA 构型转变，但具体细节尚不清楚。 本文以两个 Sso7d-DNA 复合物为研究对象，在四种温度（300，360，420 和480 K ）下，运用分子动力学模拟方法研究了Sso7d 蛋白对DNA 分子热稳定 性及构象变化的影响。结果表明，在一定的温度范围内，Sso7d 蛋白有助于稳定 DNA 双螺旋结构，但会使得DNA 构型由B 型转变为A 型，促使构型转变的主 要原因是温度升高使得单个的脱氧核糖发生了构型变化。 基于300 和360 K 的动力学轨迹，我们采用MM-PBSA 方法分别计算了两个 Sso7d-DNA 复合物的结合自由能。结果表明，（1）Sso7d 与DNA 的结合主要体 现在Sso7d 蛋白与磷酸骨架的作用，Sso7d 属于非特异性的DNA 结合蛋白；（2 ） Lys7 ，Lys9 ，Lys22 ，Trp24 ，Val26 ，Met29 和Arg43 对Sso7d-DNA 的结合非常 重要，这个结论与实验研究报道是一致的。本文的研究工作将有助于加深对Sso7d 蛋白质功能的认识。 2. 嗜热蛋白Cren7 与DNA 相互作用的分子动力学模拟研究 （1）嗜热蛋白Cren7 对DNA 热稳定性和构象变化影响的分子动力学模拟研究 嗜热蛋白Cren7 是泉古菌（crenarchaea ）内的一种高度保守的DNA 结合蛋 白，在基因包装与基因调控中扮演着重要作用。研究表明，在古菌所需的较高生 I 长温度下，Cren7 有助于稳定DNA 的双螺旋结构并促使DNA 构型转变，但具体 细节尚不清楚。 本文以两个 Cren7-DNA 复合物为研究对象，在四种温度（300，350，400 和450 K ）下，运用分子动力学模拟方法研究了Cren7 蛋白对DNA 分子热稳定 性及构象变化的影响。结果表明，在一定的温度范围内，Cren7 蛋白有助于稳定 DNA 双螺旋结构，但会使得DNA 构型由B 型转变A 型，促使构型转变的主要 原因是温度升高使得单个的脱氧核糖发生了构型变化。 基于300 和350 K 的动力学轨迹，我们采用MM-PBSA 方法分别计算了两个 Cren7-DNA 复合物的结合自由能。结果表明，（1）3LWH 和3LWI 两个复合物中 Cren7 与DNA 的结合力都随着温度的升高而增大，这种趋势与 Sul7-DNA 复合 物中蛋白与DNA 结合力的变化一致；（2 ）Cren7 与DNA 的结合主要体现在Cren7 蛋白与磷酸骨架的作用，Cren7 属于非特异性的DNA 结合蛋白；（3 ）Lys24 ，Trp26， Leu28 ，Pro30 ，Lys31 ，Arg51 ，和Lys53 对Cren7-DNA 的结合极为重要，这个 结论与实验研究报道是一致的。本文的研究工作将有助于加深对Cren7 蛋白质功 能的认识。 （2）残基突变对嗜热蛋白Cren7 与DNA 结合影响的分子动力学模拟研究 实验研究表明，W26A 、L28A 、和K53A 突变影响嗜热蛋白Cren7 与dsDNA 的结合，但具体细节尚不清楚。 我们采用MM-PBSA 方法分别计算了野生型Cren7 及W26A ，L28A ，K53A 突变体与 dsDNA 的结合自由能。与野生型 Cren7 相比，W26A ，L28A ，K53A 突变体与dsDNA 的结合自由能减小，引起自由能变化的主要原因是突变残基的 侧链与dsDNA 相互作用能变小。 3. 嗜热蛋白Sto-RNase HI