蛋白质及核酸.ppt

两个a螺旋之一是起识别作用的螺旋，因为它通常含有多个与DNA相互作用的氨基酸残基，并且被安置在大沟中。 目前发现许多真核调控蛋白也含有许多与之相似的与DNA结合的这种基元，例如同源异型域 蛋白质与DNA相互关系 生物科学0901班 王亚云 2009044020119 蛋白质与核酸交互作用可以分为两个方面：一是核酸与蛋白质形成的特定的超分子复合物，如核糖体(ribosome)、核内小核糖核蛋白（snRNP）、信号识别颗粒(SRP)等，它们为生命过程提供所需的机构； 二是蛋白质与核酸的交互作用是动态性的，他与基因表达及调控有关。 蛋白质与核酸的相互作用是许多细胞功能的核心，它在基因表达调控、蛋白质翻译和细胞分裂等细胞过程中发挥着极其重要的作用。 在此我主要讲大肠杆菌复制过程中蛋白质与DNA是如何相互作用的。 DNA是遗传物质的载体，DNA通过复制使遗传信息传递，从而保持物种的稳定。 DNA 的复制是在单链上进行的，而DNA在细胞中是以高级结构存在的，那么DNA的结构在复制前后究竟发生了怎样的变化？ 在细胞周期中，DNA复制只发生在S期，那么DNA的起始与终止是怎样调控的呢？ DNA的复制是在许多相关酶和蛋白质协同作用下运行，与复制有关的一些酶和蛋白质： DNA旋转酶 DNA解旋酶 在复制前防止DNA链退火的蛋白质（SSB） 合成RNA引物的酶 ＤＮＡ聚合酶 除去RNA引物的酶 使冈崎片段共价连接的酶（DNA 连接酶） DNA聚合酶 ＤＮＡ聚合酶如何催化ＤＮＡ合成的分子解释，来自于对各种引物－模板接头结合的ＤＮＡ聚合酶的原子结构的研究。这些结构揭示了ＤＮＡ底物位于一个大的、形似一只半握的右手的裂缝之中，依据对手的类比，聚合酶的３个结构域被称为拇指、手指和手掌。” 右手形状, 由拇指、掌和指??域组成。“掌”域的功能是催化磷酸化转移反应, “指”域可与进入的三磷酸核苷酸以及与之配对的模板碱基发生重要相互作用, 而“拇指”域在对双链DNA的定位及维持DNA 持续合成中有重要意义 引物酶 是ssDNA 依赖性的RNA 多聚酶。在DNA 复制中, 它合成RNA 引物。 真核细胞 D N A 引物酶由 58 kD和 49 kD 2 个亚单位组成。p58 亚基含有定位于细胞核的信号,能把 p58及 p49- p58 复合体引导至细胞核; p49 亚基是引物酶的催化核心。在无 p58 情况下, p49 虽然能完成引物的合成, 但与 p58-p49复合体相比, 其效率较低, 且产物不稳定。 引物酶的序列与pol β 相似,起关键作用的 3 个天冬氨酸( D109、D 111 和 D306 )与 po l β有相似的残基。pol β的 8- kD 区与引物酶 p58 的一部分同源性很高。 推测 p58 在 D NA引物酶与其它蛋白发生相互作用中可能起重要作用。引物酶与pol β的高度同源性提示真核细胞引物酶形成像pol β一样的“手性”结构:“手掌”是催化性的天冬氨酸,形成DNA 结合床的基底;“手指”形成DNA 结合床的侧壁。 DNA 连接酶 DNA 连接酶的作用就是催化岗崎片段的连接以完成DNA 的合成。另外,DNA 连接酶在 DNA 修复过程中也起重要作用。 保守的酶核心由两条反向平行的 β折叠结构组成, 外部由α螺旋和环状结构包围。两条β 折叠结构之间形成一个深口袋状结构, 构成核苷酸结合部位。 以大肠杆菌为例DNA的复制 DNA的复制是如何开始的呢？？ 复制原点oriC DnaA蛋白识别和结合与oriC，使重复单位熔解而形成开放复合物。 P1核酸酶（作用于单链） DnaA蛋白使DnaB和 DnaC蛋白进入DNA熔解区形成前引物化复合物。 DnaB 解螺旋酶使双向熔解形成两个复制叉 引物酶和RNA聚合酶进入，引物合成 复制的延伸 解旋酶使DNA双股链分离和复制叉前进；拓扑异构酶解除由此产生的的正超螺旋张力；DNA单股即为SSB覆盖；DNA聚合酶使DNA合成； PriA蛋白具依赖于DNA的ATP酶活力，提供引物移动的动力，清除 SSB，使DnaB蛋白和引物酶发挥功能。 复制的终止，在复制的最后阶段，大肠杆菌的环形DNA会产生两个相互套接在一起的环，最后怎么完成并生成两个独立的DNA分子呢？ 拓扑异构酶在其中发挥重要作用 调控蛋白与DNA的结合方式 1、蛋白质对特异DNA序列的识别 2、调控蛋白中有两种结构元件在与DNA结合中起主要作用：锌指基元和螺旋-转角-螺旋基元 锌指 螺旋-转角-螺旋 1、蛋白质对特异DNA序列的识别 如何区分特异结合的DNA序列？ 是靠暴露在DNA大沟（它易于蛋白质接触）表面的不同碱基的基团有所不同，并且靠这些